生化危机：无尽黑暗

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。                                                                      　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。                                                                      　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

这是一个除恶惩奸而又搞笑的童话故事，故事里的角色全部是可爱的水果，所有动画都以三维制作完成。 “果冻三剑客”是果冻武术学院里的三位学生，三人来自完全不同的家庭背景：橙留香来自三流剑客的家庭；菠萝吹雪来自普通的老百姓家庭；陆小果来自豪门世家。他们三人一个想成为国家栋梁；一个想成为百万富翁；一个想有很多永远都吃不完的食物。在习武的过程中，三人闹了许多笑话，老师对他们三人是又气又爱，三人经过苦练，最终通过了学院老师各种艰难的测试和考验，可以下山了！                                                                      　　“果冻三剑客”的对手是四大恶贼“贼眉鼠眼”“认贼作父”“乱臣贼子”“天下无贼 ”，他们平时无恶不作，扰乱社会治安，欺行霸市，果冻三剑客挺身而出，让他们的计划一次又一次落空。最后，四大恶贼恼羞成怒，聚集到一起，发誓要打倒果冻三剑客。                                                                      　　并且他们还有一个更大的阴谋，就是要出卖国家的边防地图来换取敌国的巨额报酬。为了国家安危，果冻三剑客当然挺身而出，并与四大恶贼展开了多番较量。从山寨斗到京城，又从京城斗到边疆，最后三人终于打败四大恶贼，成为民族大英雄。

本来应该已经被打败的虫族们，却没想到虫王带着虫族们以更强的能力席卷而来，再次来到地球搞破坏和掠夺地球的资源，变形联盟带着地球特勤队提供的新机体，再次与虫族展开战斗，粉碎虫族的阴谋，守护地球与人类的和平。虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战，虽然普尔达以微弱优势取胜，但歼灭者却突然发动叛变，抢走基因石头让歼灭者变得更强大，变形联盟完全不是对手。歼灭者企图以绝对力量称霸宇宙，在巨大的威胁面前，普力士、普尔达、普奇威父子三人冰释前嫌，首度联手，加上其他同伴的力量，所有人一起向歼灭者展开最后的激战，并成功获胜，再次守护了宇宙的和平。

帕尔斯是一个富饶而又强大的国家，百姓们在此安居乐业，国泰民安。然而，异教徒之国鲁西达尼亚的铁蹄踏破了帕尔斯的宁静，纷飞的战火烧毁了辛苦维系的和平。帕尔斯在战场之上节节败退，丢掉了大片的疆土，国家走到了灭亡的边缘，王子亚尔斯兰（小林裕介 配音）亦不得不踏上逃亡的旅途，一路上保护着他的，是忠诚而又强壮的骑士达龙（细谷佳正 配音），两人相互扶持，是否能够完成复国的愿景呢？                                                                      　　那尔撒斯（浪川大辅 配音）、耶拉姆（花江夏树 配音）、奇夫（大桥贤一郎 配音），一路上，亚尔斯兰结识了一群愿意跟着他出生入死的好友，他们相互信赖，相互依靠，彼此之间结下了深厚的友谊。在重重的困难之中，一行人艰难的向着王都进发。