故事紧接上一季结尾，Kiera阻止了Liber8组织发动的恐怖袭击，但事情却远不止这么简单。当本季开始之时，市长被大胆的刺客刺杀，已经消失了一段时间的Kiera不得不再次出现，与Carlos联手调查这起案件。与此同时，Kiera尝试与Alec重新取得联系并缓解他们之间的紧张关系，但是Alec在读过未来自己所留的信息之后已经完全变了一个人。
世界各地昆虫突然大量出现，动植物也出现了异常。负责调查这一变异的昆虫学者·甲斐拓也，在一个山洞中遇见一个人型昆虫长老·古鲁老师。古鲁预言侵略者即将出现，昆虫们会以必死的决心抵抗侵略者。拓也表示人类也会作出抵抗，但古鲁表示不信任人类。 其后，异次元的侵略者·加马鲁大军终于出现，昆虫们奋力抵抗。而此前拓也把侵略一事告知地球学术会日本支部部长向井健三，向井马上组织人员开发三套让人类拥有昆虫能力的盔甲，无奈实验以失败告终。正当愁眉之际，古鲁再次出现，并表明已相信人类，此次到来的目的是要把昆虫的精华注入盔甲内。 被注入昆虫精华的盔甲奇迹般地启动起来，拓也更成为其中一套盔甲的适用者。而其余两套盔甲分别与动物训练员·羽山丽和树木医生·片雾大作结合。于是，三位B-Fighter展开了与加马鲁军团的战斗。
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