剧集用“六度分割”理论串联起三个不同的爱情故事：向言（何蓝逗 饰）和林衡宇（曹煜辰 饰）是“命中注定”，林衡宇是独身主义，却因为向言愿意走进婚礼的殿堂；谈诗诗（梁颂晴 饰）和是然（吴海 饰）是“非你不可”，他们相差六岁，是然努力的目标就是有朝一日和谈诗诗并肩而立；路念（靳阳阳 饰）和蒋旗（王浩歌 饰）是“一见钟情”，他们都善于伪装，蒋旗小心翼翼地靠近只为给路念绝对的安全感。
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
病情有所缓解的安德决定在暑假期间，陪伴化疗伙伴亚历克西斯接受治疗
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