故事发生在虚构的城市空崎市，在那里，存在着一支由身手矫健的少女们所组成的特工组织“月影”，每天入夜，少女们的身影便会在月亮的映照下穿梭在城市的角角落落，守护这座城市与市民们的安全。犯罪组织“魍魉”一直对空崎市虎视眈眈，屡屡进犯，他们是月影最大也是最难对付的对手。
　　源桃（安斋由香里 配音）是一名高中二年级的学生，本来 平凡无异的她，凭借着自己的特殊能力，在机缘巧合之下加入了月影。在那里，她结识了个性认真严谨的半藏门雪（沼仓爱美 配音）、积极向上的相模枫（藤田茜 配音）和桀骜不驯古灵精怪的八千代命（洲崎绫 配音）等人。

　　在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
　　栖息着奇妙奇怪的生物们，
　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
　　陆续得到了“探窟家”的名号。
　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
　　莉可决定潜入阿比斯深处。
　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。
　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　人气动漫《来自深渊》确认将推出两部剧场版动画——《来自深渊：出发的黎明》《来自深渊：流浪的黄昏》，此外，第二季动画也在制作之中。《来自深渊》改编自土笔章人原作的同名漫画，深不见底的洞穴中栖居着各种奇妙生物，挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。

　　那六胞胎在完全新作剧场版中回来了！
　　已经超过二十岁却还是废柴尼特处男的松野家六兄弟。
　　某天在高中同学会中重逢的同学们，
　　都已经以社会人的身份生活，成为了正经的大人。
　　自己那无可辩驳的寒碜现状暴露无疑，
　　六胞胎就这样默默走上归途。
　　完全失去归所而酩酊大醉，阿松们就这样陷入沉睡。
　　第二天早晨，醒来的他们眼前出现的景象是……

　　那六胞胎在完全新作剧场版中回来了！
　　已经超过二十岁却还是废柴尼特处男的松野家六兄弟。
　　某天在高中同学会中重逢的同学们，
　　都已经以社会人的身份生活，成为了正经的大人。
　　自己那无可辩驳的寒碜现状暴露无疑，
　　六胞胎就这样默默走上归途。
　　完全失去归所而酩酊大醉，阿松们就这样陷入沉睡。
　　第二天早晨，醒来的他们眼前出现的景象是……