第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

玛格丽特（艾米丽·沃森 Emily Watson 饰）是一个恪尽职守的社工，一次偶然中，她发现了英国政府所隐瞒的一个残酷的秘密。在国家支持的福利中心里，有着近13万的孩子，政府捏造了他们的父母已经亡故的谎言将他们送往异国他乡。然而，等待着他们的却并非和蔼可亲的亲人和平静安宁的生活，大多数的孩子被直接送上了工作岗位，他们做着的，是廉价而又辛苦的卑微工作，同时，他们的父母正伤心欲绝的打探着他们的音讯。                                                                      　　孩子们的可怜遭遇出动了玛格丽特心里最柔软的的那一部分，她联合失去孩子的家长们，开始了漫长而又艰辛的调查之路。在强大的官方力量面前，玛格丽特就像一只手无缚鸡之力的幼虫，然而，她的执着和勇气却也为她赢得了尊重和支持。

　　一群乌合之众的潜水员试图从河里打捞一辆沉没的汽车，却被一条极具攻击性的牛鲨阻挠了。