松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。
　　为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。

2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，这就是“赏金猎人”。史派克和杰特是驾驶飞船BEBOP号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲和电脑神童艾德，并收养了拥有高智商的数据狗爱因。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

　　2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，这就是“赏金猎人”。史派克和杰特是驾驶飞船BEBOP号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲和电脑神童艾德，并收养了拥有高智商的数据狗爱因。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

　　在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。 收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国......

　　2071年的万圣节前夕，火星上的大城市突然发生了令人惊叹的犯罪。高速公路上一辆油罐车爆炸了。事故发生现场的人们因不明原因病倒，死伤人数超过400人。这样大规模的杀人事件，似乎是不明来源的生物武器所为。为此，火星政府发布了3亿圆的赏金悬赏恐怖分子。目击事件的faye单独行动妄图独占赏金，艾德使用黑客技术找到线索，与Bebop号上的大家一起行动。四人一狗组合再次出动，但他们不知道，这3亿元的代价，是对抗前所未有的强大犯罪者。

　　快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生 配音）的诞生，它的使命为何？
　　启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？