精灵宝可梦，简称宝可梦，
　　这颗星球上非常非常不可思议的生物，
　　在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。
　　持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。
　　持有神秘精灵球的来自关都的少年——罗伊。
　　以广阔的宝可梦世界为舞台，
　　莉可和罗伊的新冒险开始了！
　　等待两人的相遇，还有命运是—！？
　　这是一个通过冒险“找到”重要的东西的故事。

打造一个所有人都能读到书的世界成为神殿的青衣见习巫女的梅茵，和路兹、多莉以及孤儿院的孩子们一起制作了儿童用的圣典绘本。对书本的热情有增无减的梅茵，赋予了约翰与海蒂"古腾堡"的封号后，向下一个目标"活版印刷"迈进。然而，梅茵的前方却是一片乌云笼罩。察觉到拥有强大魔力与奇异知识的梅茵具有利用价值的贵族、以及对梅茵怀恨在心的贵族，暗中盯上了梅茵。

　　个性活泼开朗的妮可（前田玲奈 配音）是雨之国的公主，身为家中最年幼的孩子，她却拥有着不输于任何人的好胜性格。在和姐姐们的游戏之中，妮可成为了输家，因此被迫嫁给了太阳王里维斯（岛崎信长 配音）。
　　在市井传说之中，里维斯是一个仅用了短短三年就称霸了世界的可怕男人，然而，当妮可亲眼见到里维斯之时，却惊讶的发现，他只不过是一个年仅十二岁的男孩。就这样，妮可和里维斯的“夫妻生活”开始了。日子没过多久，妮可和里维斯之间就爆发了重重的矛盾，但随着时间的推移，两人却都从对方身上找到了温暖与信任，两颗孤单的心灵越靠越近。

　　长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃 配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里 配音），并把他培养成合格的接班人。 沢田纲吉外号废柴纲，就读于并盛中学一年A班，全科成绩平均17.5分，跳马只能跳三层，单杠向上翻转也不会，无论做什么事都不行的废柴。里包恩行为搞怪过激，让一向邋遢不求上进的纲头疼不已。但是里包恩通过必死弹，竟然让并盛中学的偶像笹川京子（稲村优奈 配音）对一直默默无闻的纲产生了好感。纲慢慢开始接受里包恩的改造，过起了欢乐和恐怖的生活，并向黑手党首领一步步迈进。

　　天使珈百璃（富田美忧 配音）以天使学校第一名的优异成绩毕业，决定降临人间体会一下凡间的多彩生活。在珈百璃的未来规划中，她将要一边做善事给人类带来幸福一遍完成在人类学校中的课业，然而某一日，珈百璃无意间发现了一台电脑，接触到了网络游戏，剧情至此急转直下，很快，珈百璃就成为了整天只知道打游戏的废柴，不仅逃学玩游戏，甚至因为在游戏里氪金过多而身无分文不得不前往咖啡店打工。
　　珈百璃的身边有很多来自“天上”的伙伴。虽然是恶魔但非常可靠的薇奈特（大西沙织 配音）、有着远大理想却是个完完全全的笨蛋的萨塔尼亚（大空直美 配音）、外表温柔可人实际上非常腹黑的拉斐尔（花泽香菜 配音）、不谙世事纯洁无暇的塔普利斯（水濑祈 配音），一场人间喜剧即将拉开序幕。

　　第三期 银河
　　时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？
　　此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。
　　除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。
　　目前新生闪电日本队没有板凳成员。
　　在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。
　　在第一主题曲中有出现的国家有：韩国、中国（新）、澳洲、中东国家(可能是沙特阿拉伯)、美国。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

　　堀京子（户松遥 配音）是长相漂亮，穿戴又十分时尚的潮流女孩，在学校里颇有一番人气。可一回到家，为了照顾年幼的弟弟和方便做家务，京子会换上非常土气的居家服，常年不在家的母亲让京子在不知不觉中扮演了代替者的角色，但这样地味的一面，可千万不能让学校的同学们知道啊！
　　一天，一个 耳朵上打满了耳洞的刺青男敲响了京子家的大门，穿着居家服的京子去看们，让她没有想到的是，眼前这个潮男，竟然是平日里在班上被评价为宅男的宫村伊澄（内山昂辉 配音），原来宫村和京子一样，过着隐秘的双重生活。以弟弟为契机，宫村开始频繁的拜访京子家，两人以他们的真面目相对，心与心之间的距离逐渐缩短。

　　小糸侑（高田忧希 配音）是一名平凡的女子高中生，也是朋友们心目中的“好好先生”，可只有她自己心里明白，每当自己面对别人付出的感情时，都会感到巨大的隔阂。喜欢帮助别人也并不是因为自己天性如此，只是不懂得如何拒绝而已。
　　这样的阿侑，在某一天意外的收到了异性好友的告白，不知道该如何应对的阿侑在机缘巧合之下向学生会会长七海灯子（寿美菜子 配音）发起了求助。七海在学校里人气极高，向她告白的人络绎不绝，但她总是冷若冰霜不为所动，然而让阿侑没有想到的是，从她的口中，自己竟然听到了“我喜欢你”的语句。

　　主人公和怪物伙伴们展开的热血友情成长的冒险故事。

　　东田大辅（中村悠一 配音）是一位平凡不起眼的男子，因为家境实在贫困，于是不得不来到一间家庭餐厅打工以维持生计。东田虽然其貌不扬，却有着十分认真踏实的性格，因此深受上司和后辈的信赖。然而没过多久，东田就发现，这间看似普通的餐厅，其实有着非常大的问题。
　　工作出色的女高中生领班宫越华（户松遥 配音）、活泼开朗的千金大小姐镰仓志保（雨宫天 配音）、浑身散发着魅力的轻浮男公关进藤祐太（小野贤章 配音）、沉默寡言拥有着超强灵能力的村主小百合（日笠阳子 配音），餐厅里唯一的正常人足立正广（内山昂辉 配音），在这些人的围绕下，东田会迎来怎样的打工生活呢？

　　寒冷的北海道钏路，可爱的高一新生高桥七美（ささきのぞみ 配音）刚刚入学便结实了英俊帅气被全校绝大多数女生喜欢的矢野元晴（矢崎广 配音）。从最初的心存反感到后来的神思牵挂，七美对元晴的情感也悄悄发生着变化。可是，元晴似乎藏着难以为人道的孤独和忧伤。原来他曾有一个相互爱恋的女友山本奈奈（ゆりん 配音），但是一场事故夺去恋人的生命。终于有一天，七美鼓起勇气向元晴表白，元晴也向这个单纯执著的女孩打开心门。从这一天起，这对恋人以及他们身边所有的好友开始经历着一段交织着苦乐辛酸的青春爱情之旅……
　　本片根据小畑友纪2004年荣获第50回小学馆漫画赏少女部门嘉奖的少女纯爱漫画《我们的存在》改编。