《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。
　　慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。

　　37岁的大学老师郝回归，因为人生和工作都不如意，在梦里回到了自己的17岁，遇见了曾经的自己。在梦里，他和曾经的自己、曾经的伙伴们一起经历了一段难忘的时光。在这个梦当中，他想去改变曾经的自己，去弥补遗憾，去重过一遍自己的人生，没想到却被自己的小伙伴改变了。从梦里醒来，他决定要改变自己的人生。

　　展颢——大宋朝一员功勋彪炳的边关将军，爱国爱民，从未想到有一天，自己战场杀敌的刀，必须拿来杀戮自己的百姓，只为了花尽国库银的昏君意欲抢夺一座铁矿山，好就近开采冶炼以应军需之急。
　　三道密旨的催逼下，展颢不得不奉命屠了不肯让出铁矿山的赵家村，展颢即将临盆的妻子赶去阻止却被误杀，临死前产下一子，为县令方子庵所救，取名方旭，视若己出的抚养成人。而展颢却因方子庵拿着万民陈情书上京告御状，屠村惨案在朝野中闹得沸沸扬扬，不得不做了皇帝的替罪羊，以叛国罪入狱，展氏一族满门抄斩。侥幸逃出生天的展颢闯入太子宫中，带走即将弥耳的长皇孙，取名余火莲，从此立誓必以皇室血脉之手，推翻大宋朝廷。
　　二十年后，太子仁宗即位，余火链一举夺下开状元功名，入朝为官，并与如今已贵为御史中丞的方子庵之女方离相识相恋。而方旭亦在子庵教养下，长成为坦荡磊落，嫉恶如仇之人，在帮助父亲查案过程中，与京师第一青楼“御香斋”的红姑娘李柏化敌为友，进而相亲相爱。
　　火莲与方旭武艺相当，性情相投，又因方离之故成为惺惺相惜的好友。与此同时，朝官被害的案件不断发生，在新任开封府尹包拯调查下，箭头终于指向一个神秘的民间叛乱组织“无间道”及贼道“地藏王”。方旭奉皇命假作弑父，亡命天涯被“无间道”收容。逐步打入组织核心，但也因此而受尽委屈，与李柏的恋情更是一波三折，饱受考验。
　　火莲一心抱着颠覆宋朝的使命而来，却发现仁宗、子庵、包拯等人并不是想象中的那么残暴，但父命难违，火莲时时扎于矛盾痛苦之中，幸赖方离的坚强与支持，方能度过重重心理难关。
　　方旭日渐为地藏王赏识重用，狂放的火莲亦受到仁宗的欣赏及包容，两对父子在互不知血缘之亲的情况下，走过一路相互较劲的恩怨风雨。
　　最终在包拯及方旭查证下，真相大白，地藏王即为当年的大将军展颢，亦是方旭之亲生父亲。方旭虽得认祖归宗，更名展昭，但展颢却为了让追随自己的千万手下能死心散去，解甲归田，无怨无悔的选择了自尽身亡。
　　火莲虽贵为太子，但仁宗为了朝廷国家，不能暴露当年先皇罪行，亦不能让火莲回到宫中，展氏一族横亘二十年的冤屈虽得昭雪，但许多遗憾却已无法弥补……

小莲（徐怀钰 饰）是一只鲤鱼精，生活在大小姐牡丹（孙莉 饰）的池塘里。闲暇中，贪玩的小莲总喜欢化身成牡丹的样子，来到人间游山玩水。一次意外中，小莲被书生张子游（郭晋安 饰）出手相救从而结下了不解之缘。其实，张子游同牡丹早已私定终生，可是牡丹的父亲却擅自将她许配给了将军之子，悲伤的牡丹无力抵抗，虽然小莲企图帮助牡丹从中阻挠，但也无济于事，最终牡丹还是坐入了送亲的轿峦之中。                                                                      　　没想到，天生体弱的牡丹竟然在轿中悲伤而死，与此同时张子游也赶到了现场，情急之中，小莲进入了牡丹的躯壳，化作牡丹的样子同张子游展开了一场惊天逃亡。在之后的日子里，小莲一边要压抑自己活泼的本性，一边还要防止伪装被拆穿。纳闷牡丹为何性情大变的张子游永远都不会想到，一直陪伴在身边的女人竟然早已变作他人，

剧情的背景其实就是在原著的基础上，做了些科幻式的改编。原著中的黑暗、混沌在这里成了太阳黑子爆发，而原本的一个石猴的问世变成了三颗陨石的陨落和神化。要打败天魔，惟一方法是要某年某月某日某时某刻某分某秒出世的人，由其中一颗陨石的化身护送他到西天取三藏真经。

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