创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。
　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。
　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。
　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。
　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

　　乍看之下，宫本蕾贝卡（斋藤千和 配音）是一个满头金发的11岁少女，她的外表可爱个性胆小，是个人见人爱的小不点。令人想不到的是，蕾贝卡居然是毕业于麻省理工大学的天才少女，并且，她还有着一份正式的职业——桃月学院一年C班的班主任。面对着这个娇小的班主任，一年C班的同学们发出了不可置信的呼声。然而随着接触的深入，他们发现，这个外表萝莉的老师，却有着一颗正直勇敢的心。
　　在桃月学院里出没着各式各样有趣的家伙， C班的神秘老头子（大竹宏 配音），D班的酒鬼五十岚美幸（大原沙耶香 配音），B班的早乙女（花轮英司 配音），再加上每个班级里鬼灵精怪的同学们，蕾贝卡快乐的校园生活开始了。

在未来世界,由于西太平洋突然出现的飓风“GROUND ROAR”，世界的气候发生了很大的突变。随之影响而带来海平面上升、海流变化、气候变动等等。给世界各国带来严重的损失，特别是亚洲区。这场被称为“OMEGA之变”，给人类带来了历史性的伤痛。                                                                      　　“GROUND ROAR”发生后的五十余年，人类呕心沥血努力复兴世界，再次认识到海洋航线的重要性，由此迎来第二个大航海时代。可是在海洋发展的另一方面，现代化的、组织化的恐怖分子（也就是“海盗”），也开始得势。为面对这种威胁，民间企业也自发组织自己的武装自卫机关。本故事是以一群民间护卫舰队上的少女与海盗之间展开。                                                                      　　【キャスト】                                                                      　　美咲七波：                                                                      　　凪宮漂介：                                                                      　　綿摘　翼：                                                                      　　深水さんご：                                                                      　　海里美晴：                                                                      　　阿古屋真夏：                                                                      　　阿古屋真秋：                                                                      　　島原看取：                                                                      　　ターニャ・Ｌ・コジマ：                                                                      　　クレイオ・アクアノート：                                                                      　　陸待クニオ：                                                                      　　濱口レマラ：                                                                      　　笠悟さより：                                                                      　　虹浦鈴音：                                                                      　　鮎原水萌：                                                                      　　浅利木 結：                                                                      　　笹原　櫻：                                                                      　　鯨伏慶五郎：                                                                      　　フルード：                                                                      　　フロート：                                                                      　　エステレーラ・ジャルディンマール：                                                                      　　ジョルナダ：                                                                      　　クミコ・Ｊ・カーソン：                                                                      　　シイナ・ラケルス：                                                                      　　ラッシュ・ビヨンド：                                                                      　　ハクビ：                                                                      　　中原麻衣                                                                      　　菅沼久義                                                                      　　高橋美佳子                                                                      　　植田佳奈                                                                      　　小林由美子                                                                      　　比嘉久美子                                                                      　　新井里美                                                                      　　皆川純子                                                                      　　三宅華也                                                                      　　夏樹リオ                                                                      　　乃村健次                                                                      　　中村大樹                                                                      　　中尾衣里                                                                      　　樋口あかり                                                                      　　大浦冬華                                                                      　　小野涼子                                                                      　　日笠山亜美                                                                      　　辻　親八                                                                      　　佐藤利奈                                                                      　　渡辺明乃                                                                      　　門脇　舞                                                                      　　柚木涼香                                                                      　　鈴木菜穂子                                                                      　　小林希唯                                                                      　　藤田圭宣                                                                      　　能登麻美子                                                                      　　【スタッフ】                                                                      　　監督：                                                                      　　シリーズ構成・脚本：                                                                      　　キャラクターデザイン・総作画監督：                                                                      　　コンセプト・スーパーバイザー：                                                                      　　メカデザイン：                                                                      　　設定考証：                                                                      　　メカ・ビジュアルディレクター：                                                                      　　美術監督：                                                                      　　美術設定：                                                                      　　色彩設計：                                                                      　　3Dディレクター：                                                                      　　3Dヴィジュアル・ディレクター：                                                                      　　撮影監督：                                                                      　　編集：                                                                      　　音響監督：                                                                      　　音響効果：                                                                      　　音楽：                                                                      　　音楽プロデューサー：                                                                      　　アニメーション制作：                                                                      　　製作：                                                                      　　ふじもとよしたか                                                                      　　兵頭一歩                                                                      　　伊藤岳史                                                                      　　小倉信也                                                                      　　高倉武史                                                                      　　白土晴一                                                                      　　伊藤浩二                                                                      　　篠田邦宏                                                                      　　比留間崇                                                                      　　伊藤ゆかり                                                                      　　岩井　淳                                                                      　　武田隆史                                                                      　　杉浦　充                                                                      　　田熊　純                                                                      　　明田川　仁                                                                      　　中野勝博                                                                      　　七瀬　光                                                                      　　井上俊次                                                                      　　アクタス                                                                      　　バンダイビジュアル、アクタス

在那遥远的宇宙那一边，来自未知世界的威胁正在步步逼近，恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来……                                                                      　　西历2000年，伴随着人类科学的不断发展，人类迎来了凭借“G反应机关”获得梦之能源的光辉代。在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车“闪电号“（时速500公里，行程1.5小时）的开通式上，素不相识的比利·其姆拉，贝尼·卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中——就在眼前的“闪电号”列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了……                                                                      　　比利和贝尼开始追查事件缘由，经过调查，他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件，事实真相被不置可否地掩盖，人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着。国连为了查明原因，设立了极秘的地球防卫组织“迷宫机关”，与即将发生的恐怖事件相对抗。                                                                      　　在偶然的机会下，比利和贝尼开始与“迷宫机关”共同行动，二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语就此展开……

 2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。 《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。

 时长半小时的短片。故事是发生在TV版中途的番外篇，突出两位女主角的位置，并附带“歌姬”设定……主题曲延用TV版前半部的OP（但收录进剧场版时被取消）。