东西冷战了170年后的未来，世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙，处于极度的紧张状态。在那样的状况中，设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”，组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。
　　主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器，并赌上性命进行着谍报活动。

　　距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件，谁知却让杉下右京（水谷丰 饰）的老搭档神户尊（及川光博 饰）找上门来。原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地，而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，命令杉下与搭档甲斐享（成宫宽贵 饰）以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的引导下来到事故现场，而杉下则察觉到这起意外背后似乎有着某种人为的因素存在。
　　当他和随后赶来的伊丹（川原和久 饰）等人渐渐逼近事实真相时，心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动……

　　正准备获得帝都大学的物理学教授的汤川学（福山雅治 饰）是一名不折不扣的物理学怪才，思维异于常人。这日，女警内海薰（柴崎幸 饰）接手了一单离奇的人体自燃案件，毫无头绪却又急于破案的她在同事草薙俊平的介绍下，找到了汤川学。汤川学本来不想惹麻烦上身，后来经不起内海薰的纠缠，终于答应和她携手破案。在经过一系列取证后，汤川学运用他精深的物理学知识，终于揭破了罪犯的犯罪手法，帮助警方顺利破案。
　　一日，内海薰又接到了一起离奇的谋杀案子。小男孩忠广自称灵魂出窍看到了疑犯的汽车，若忠广所言属实，则疑犯的嫌疑能得以洗脱，然而警方又怎能将灵魂出窍当成证供？难道忠广在说谎？内海薰自然又找到了她的“明灯”——汤川学。汤川学经过现场取证，证明了忠广的确看到了疑犯的汽车，由此为疑犯洗脱了嫌疑，同时戳穿了所谓的“灵魂出窍”，最后真相大白。
　　凶险棘手的案件在不断发生，而汤川学也周旋在这离奇古怪的迷局里面，一次次展现了智慧的力量。

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

金光闪耀的银座最近来了一个迷人的妈妈桑元子（米仓凉子 饰），她的店面有着阔气的装修，前来消费的不是高官就是大款。而她每一次陪伴客人，都会从谈话间搜集与金钱有关的情报，并把一切记录在她的黑色皮革笔记本里。                                                                      　　元子以前是银行职员，凭着工作便利搜集了多年来银行内部所有空帐假账的人物名单。在盗用银行一亿两千万日元被行长发现后，便拿出记录了名单的黑色皮革笔记本。                                                                      　　元子的目标是要在银座开一家最大最阔气的店，为此不惜牺牲了道义、爱情等人生一切代表美好的字眼。她毫不犹豫地往目标走去。

正准备获得帝都大学的物理学教授的汤川学（福山雅治 饰）是一名不折不扣的物理学怪才，思维异于常人。这日，女警内海薰（柴崎幸 饰）接手了一单离奇的人体自燃案件，毫无头绪却又急于破案的她在同事草薙俊平的介绍下，找到了汤川学。汤川学本来不想惹麻烦上身，后来经不起内海薰的纠缠，终于答应和她携手破案。在经过一系列取证后，汤川学运用他精深的物理学知识，终于揭破了罪犯的犯罪手法，帮助警方顺利破案。                                                                      　　一日，内海薰又接到了一起离奇的谋杀案子。小男孩忠广自称灵魂出窍看到了疑犯的汽车，若忠广所言属实，则疑犯的嫌疑能得以洗脱，然而警方又怎能将灵魂出窍当成证供？难道忠广在说谎？内海薰自然又找到了她的“明灯”——汤川学。汤川学经过现场取证，证明了忠广的确看到了疑犯的汽车，由此为疑犯洗脱了嫌疑，同时戳穿了所谓的“灵魂出窍”，最后真相大白。                                                                      　　凶险棘手的案件在不断发生，而汤川学也周旋在这离奇古怪的迷局里面，一次次展现了智慧的力量。

　　继前作之后，江口理子饰演的主人公五月女惠一边积极地推进着享受一个人时间的活动——“solo生活”，一边体验新的solo 00。 而且，五月女惠工作的《文摘出版》编辑部的成员中，惠的上司黑田彩子一角由小林爱子担任，惠的同事石冈洋平一角由涩谷谦人担任，同为同事的青木遥一角由佐佐木春香和熟悉的成员决定继任，大冢明夫继续解说

　　第二季的故事将从上一季最后一集的情节拉开帷幕。
　　警视厅搜查一科“特别犯罪对策室”被迫解散，室长大泽绘里子（天海佑希 饰）引咎辞职，准备从成田机场出发回去美国，可是就在机场等待时她接到了野立信次郎（竹野内丰 饰）的电话。警界高官黑原健蔵将成为反政府组织“黑月”的下一个狙击目标，而“黑月”重要成员高仓龙平在护送中逃脱。虽然绘里子和对策室各成员纷纷赶往现场，但黑原依然中弹，而犯人逃脱。身负重伤的黑原被迫辞职，为了承担责任，对策室再度解散，绘里子去了美国。两年后，当上参事官的野立以接手某个重要案件为契机，使得对策室再度复活。
　　木元真实（户田惠梨香 饰），片桐琢磨(玉山铁二 饰) ，花形一平(沟端淳平 饰) ， 山村启辅(温水洋一 饰) 和岩井善治(小林友治 饰) ，这一班乌合之众是否还能再次聚首，为绘里子和对策室效力？而野立这一次是否依然可以说服绘里子担任室长一职？

　　花店老板汐見英治（香取慎吾 饰）有个天使一样的女儿雫（八木优希 饰）。雫的母亲在生她的时候不幸去逝，留下父女俩相依为命。两个人的生活艰辛却也幸福，英治为人善良热情，深得周围人的喜爱，女儿同样在学校具有相当的号召力。
　　在一个雨天，美丽的陌生失明女子白戸美桜（竹内结子 饰）出现在他们的生活里，从那时起一切都发生了变化。而在花店老板平静生活的背后更是隐藏着具大的秘密，比如多年前的那段恋爱和友谊，比如为什么花店里一直不卖玫瑰。

　　《在断崖下》：青年蒲冈大辉（伊藤淳史 饰）将车停在悬崖旁和女友幽会，突然一股神秘的力量将汽车推向悬崖；《6号房间》：女高中生久保有纱（堀北真希 饰）和长泽美奈子等朋友去唱卡拉OK，自从她们使用过诡异的6号房间后，美奈子就变得分外怪异；《不可思议的时间》：为了赶上即将进行的世界杯比赛转播，小职员白石大吾（平冈祐太 饰）匆匆搭上一辆计程车，却在很短的时间内经历了一段漫长的旅程；《四叠半的贵妇人》：森三中的大岛美幸买到一只精致的茶杯，随茶杯一同来到她家的还有一个身穿洋装的贵妇人；《体验者》：市场调研人员今泉诚一（高岛政伸 饰）在某超市调查期间，发现店员似乎正被某个看不见的女人所侵扰；《病栋的绒毛玩具》：某所医院有一只泰迪熊毛绒玩具，所有把玩它的老人都回去世。