这是一部讲述国共两军和日本侵略者三方为了各自的目标进行的幕后较量，剧中着重描写了几方间谍斗智斗勇的过程，是我国第一部描写战争背景下的谍中谍、计中计、情爱与错爱的军事悬疑片，故事情节平中求悬，被称为军事版《黑洞》。
晨雾笼罩下的华北重镇安阳车站。由北平秘密返回驻地的太行抗日游击纵队司令李万成，一下火车即被日军宪兵武装劫持。前来接站的纵队参谋长林达飞(我党地下工作者)突然发现，在劫持李万成的宪兵队伍中的女翻译竟是自己妻子的妹妹赵蔷。李万成的生死兄弟，游击纵队副司令关震宇得知司令被日军劫持，和林达飞积极展开营救，但日本人欲要突破的目标却是拥兵能战的关震宇。中国第一个抗日将领被日本人神秘劫持，震惊国民政府，然而令国共双方都始料不及的是李万成在被劫持后却秘密与日本人达成协议，率部兵变，组建日伪武装皇协军第一军，同时裹挟关震宇、林达飞等将领。采取软硬兼施，逼迫众将领叛变投敌，成为世人唾骂的汉奸队伍。李万成此举更加引起国民政府最高长官的愤怒，于是惩治汉奸，枪杀李万成、关震宇、林达飞等计划一个个出台，军统豫北小组负责人“鱼鹰”亲自率领行动小组实施杀戮计划。与此同时，日本人也派出代号为“银狐”的特高科特务潜伏在关震宇身边，监督日本最高长官部“A计划”在安阳的顺利实施，并破坏国共两党的情报组织。八路军总部为了民族大义，委派了代号“山峰”的地下工作者阻止军统的杀戮计划，枪口一致对外，破坏日本人的对皇协军及关震宇、林达飞等的种种阴谋，保全这支部队，使之重归抗日前线。为此，国、共、日三方展开了激烈的间谍战。
故事情节“悬”过《007》 《兵变·1938》是央视2006年的首部军事题材大戏，中国电视剧中心对本剧十分重视，汇集了包括摄像、美术、灯光、服装等各路幕后高手，导演张玉中在按受采访时称：“本剧视角独特、布局巧妙，它一反常态地避开了对战争场面的正面描写，而是把战争作为一种创作元素的背景，侧重表现在华北重镇安阳围绕着‘太行游击纵队’生死命运的焦灼状态下各方势力的殊死较量。力求始终吸引观众去关注各类人物的命运，用一句话讲就是，一波未平一波又起，节外生枝……”。编剧 表示，做为我国第一部军事悬疑片，本剧重点笔墨围绕各方间谍展开，将意义升华到了特殊的群体——间谍的命运及人生方面。编剧 在概括剧中的间谍特点时表示：“剧中的间谍非漂亮即帅气，但也都“冷、辣”，对待敌人残酷果敢，不择手段，对待爱情温柔似水，以至于最后两个女人都为了爱情放弃了自己的生命。”
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