正值百年战争末期，基利可·丘比在纵横交织的枪弹下生存。
　　另一方面，Pailsen被RED SHOULDER的丑闻事件包围而垮台。军队的首领决定将他处决，蛤去被情报省的次官沃茨卡姆从法庭救了出来。
　　对Pailsen留下的秘密文件志在必得的沃卡姆，目的在于对“异能生存体”的有用性进行实验，从而在战后得到地位。
　　于是在沃卡姆监视下的基利可，和被秘密文件挑选出的四人：巴可夫、哥登、扎奇、可恰克一起，不停地转战在过于残酷的战场上。“如果不是异能力，就没有生存的机会。”……

　　十二番队技术开发局副局长涅茧利（中尾隆圣 配音）在实验过程中遭到莫名袭击，进而导致他狂性大发，摧毁实验设备，引发巨大爆炸，致令静灵庭严重受损。与此同时，黑崎一护（森田成一 配音）感知到尸魂界的巨变，他从浦原喜助（三木真一郎 配音）口中得知事件始末，于是决定动身前往尸魂界。然而，尸魂界的死神们似乎丧失了关于一护和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）的记忆，全都将矛头对准一护，昔日的好友变成了刀剑相向的敌人。另一方面，露琪亚也变得行踪不明。各种奇怪的事情相继发生，静灵庭巨变的背后究竟隐藏着怎样的秘密？
　　本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第三部剧场版。

　　1983年に放送を開始したTVアニメ「装甲騎兵ボトムズ」の前日譚で、メカや戦闘シーンを3DCGを用いて描いたOVA「装甲騎兵ボトムズ／ペールゼン・ファイルズ」の劇場版。監督の高橋良輔やキャラクターデザインの塩山紀生ら、初期オリジナルスタッフが再集結。100年にも及ぶ戦争が続くアストラギウス銀河で、“異能生存体”と呼ばれる不死の得意遺伝子について記されている極秘文章「ペールゼン・ファイル」を巡り、戦局は大きく変わろうとしていた。

　　在给大教堂做清洁期间，鲁邦三世（山田康雄 配音）听说了关于海明威手稿的传说。据说海明威生前将在巴黎听说的故事写成手稿，里面藏着一笔巨大财富的线索。然而神秘之人将其杀害，夺走手稿，并伪装出文豪自杀的假象。鲁邦按照线索前往某德国佬的城堡盗取黄金钥匙，谁知拥有地中海鲨鱼的富豪马尔塞斯派出私人部队捷足先登，杀害了德国人。在此之后，鲁邦乘飞机来到手稿所在地库尔卡克岛，当地两股势力为了小岛的控制权展开连番厮杀，而次元大介（小林清志 配音）和石川五卫门（井上真树夫 配音）恰恰受雇于敌我双方。
　　扑朔迷离的手稿迷雾，引领各方势力你争我夺……