邪恶天才科学家地狱博士（石冢运升 配音）企图征服世界，人类因此而陷入灭亡危机，在驾驶魔神Z的兜甲儿（森久保祥太郎 配音）以及其他伙伴们的努力下，世界得以恢复和平。十年后，兜甲儿不再是超级机器人的驾驶员，而是成为了一名科学家。某日，他在富士山地底见到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY无限魔神，以及同时出现的神秘生命体“莉莎”（上坂堇 配音）。而在同一时刻，地狱博士突然神秘地复活了，他还打算利用INFINITY无限魔神所潜藏的无限可能性，完成他征服世界的野心……就在这千钧一发之际，传说中的驾驶员兜甲儿与魔神Z再次挺身而出拯救人类…

　　讲述少年少女驾驶「有人驾驶的无人机」于「不存在的第86区」奋战，少年「辛」，与透过特殊通信指挥作战的指挥管制官少女「蕾娜」壮烈而悲伤的战斗与离别的故事。

　　为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。
　　由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。
　　只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——

　　公历2061年，日本被4个世界主要经济圈分割统治、支配，
　　日本人作为从属国的人民，每日过着悲惨的生活。
　　也因各经济圈投放的人型特殊机动兵器AMAIM，使日本成为世界的最前线。
　　喜欢机械的少年椎叶アモウ，某日与自律思考型AI「ガイ」相遇。
　　以此为契机，アモウ坐上自己组装的AMAIM「ケンブ」，投身于夺回日本的战斗之中。

　　“在演艺圈里，谎言就是武器。 ”
　　在小城市工作的妇产科医生・五郎，有一天他所推的偶像“B小町”出现在了他的面前。“B小町”有着一个禁忌的秘密。
　　如此这般的两人实现了最糟糕的相遇，从此命运的齿轮开始转动——

　　两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。

　　曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
　　地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
　　主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。