郊外一座废弃的工厂内，一支摄制组正在拍摄一部粗糙简陋的僵尸片。导演日暮隆之（滨津隆之 饰）不满女主角松本逢花（秋山ゆずき 饰）的演技，因此暴跳如雷，大吼大叫。在工作人员晴美（しゅはまはるみ 饰）的建议下，剧组暂时停止拍摄。休息间隙，晴美向松本以及饰演僵尸的男演员神谷和明（长屋和彰 饰）讲述了这座工厂在二战期间的恐怖旧事。就在此时，不祥的巨响突然传来，未过多久，一名工作人员化作僵尸突然出现，对其他剧组成员展开疯狂啃咬。演职员们四散而逃，而疯狂的导演却举起摄像机，开始了他梦寐以求的电影的拍摄。                                                                      　　30多分钟的血腥屠杀，令所有人始料未及的是，这还并不是这部恐怖电影的全部！

　　居住在仙台的宅急送工作人员青柳雅春（堺雅人 饰）是一个情感细腻、善良温和的青年。2年前，他曾因救助被歹徒威胁的当红女明星凛香（貫地谷しほり 饰）而成为当地家喻户晓的英雄人物。某天，他接到大学好友森田森吾（吉岡秀隆 饰）一同钓鱼的邀请，于是欣然前往。但是令青柳出乎意料的是，森田似乎把自己骗入一个陷阱之中。是日，正在故乡仙台视察的金田首相（伊藤ふみお 饰）遭到炸弹袭击身亡，而青柳则成为了头号嫌疑人。警察总署综合情报科迅速部署天罗地网，而知晓内幕的神秘势力也急于杀害青柳以灭口。在好友和陌生人的帮助下，青柳被迫在小小的仙台展开绝命逃亡，“对他人的信任”是他所拥有的唯一武器……
　　本片根据伊坂幸太郎的同名原著改编。

　　西佳敬（北野武饰）是一名警察，几年前女儿不幸死去，现在妻子（岸本加世子饰）患白血病已到晚期。好意让他去探望妻子的搭档堀部（大杉涟饰），则在任务中严重受伤，导致下半身瘫痪，与轮椅为伴。后来西在一次逮捕行动中处理失当，又导致后辈田中（芦川诚饰）丧生。引咎辞职的他，想着供养田中的寡妻（大家由佑子饰），接近并安慰老友堀部，黑社会紧追着他索讨利息，这一切都令西感到不堪重负。他决定铤而走险，做件冒险的事情，将一切做个了结。最后，西陪妻子做一次没有归途的旅行。

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

　　Shipwreck survivors are found on Beiru Island (Infanto tô), which was previously used for atomic tests. The interior is amazingly free of radiation effects, and they believe that they were protected by a special juice that was given to them by the island's residents. A joint expedition of Rolisican and Japanese scientists explores Beiru and discovers many curious things, including two women only one foot (30 centimeters) high. Unscrupulous expedition leader Clark Nelson abducts the women and puts them in a vaudeville show. But their sweet singing contains a telepathic cry for help to Mothra, a gigantic moth that is worshiped as a deity by the island people. The giant monster heeds the call of the women and heads to Tokyo, wreaking destruction in its path.