二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。                                                                      　　巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。                                                                      　　移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。                                                                      　　然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。                                                                      　　最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？

间指向了2030年，自从爆发第四次世界大战以来，各国的政治力量发生了根本性的变化，由于战乱不断，激增的难民终于获准进入日本，以填补因经济不断发展造成的劳动力短缺。而就在此时，一个自称“个别的十一人”的恐怖组织展开了一系列极端袭击事件，难民营、外国领事馆、甚至是总理都遭到了恐怖袭击……                                                                      　　难民抵抗运动的新领导人，同时也是“个别的十一人”的神秘前成员到底是谁？九课所掌握的众多线索也渐渐揭露了令人震惊的事实，在各种恐怖活动和突发事件的背后，有一人在阴影中操作着一切，他们策划的内幕是什么？九课能化解困境，并避免灾难性的内战吗？

一天，大雄和静儿、技安被强夫邀到家中参观恐龙化石。当然，大雄免不了又被强夫取笑一番。为了要做强夫面前争一口气，大雄夸下海口，恐龙化石没什么了不起，他要让小伙伴们见识一下真正的恐龙！                                                                      　　奇迹再次发生在大雄身上，他真的找到了一颗活的恐龙蛋！大雄和叮当在家将小恐龙孵化了出来并在公园里暗中饲养。小恐龙比助一天天长大，公园有怪兽的消息传遍了日本。为了小恐龙能健康成长，大家决定将小恐龙用时光机送回白垩纪。                                                                      　　没料到，一个神秘人暗中跟踪他们，也来到了白垩纪想要虏走比助。为了保护比助，叮当、大雄、强夫、技安和静儿再次来到了白垩纪……