母亲死后，原本生活在被大量外国移民视为淘金天堂的“元都”少女被送到妓女固力果（卓娜）处，将少女暂时收留后，固力果依据纹在胸前的蝴蝶给她取名凤蝶（伊藤步）。不久，凤蝶在固力果的带领下于名为“青空”的废品安置区兼汽车修理站，结识了火飞鸿、狼朗等来自不同国家的“元盗”，并逐渐与他们熟识成为好友。                                                                      　　一盘录有美国歌曲《My Way》并隐藏有制造伪钞磁性感应资料的磁带令众人一夜致富，而在发财后，他们也开始走上不同道路，其中有出色演唱天赋的固力果被唱片公司签下，并在公司逼迫下与大伙断了关系。而磁带的主人，黑社会老大刘梁魁（江口洋介）得知磁带下落后，开始派手下追杀火飞鸿、固力果等人，众人的命运开始相互牵制。

年届半百的征三拜访双胞弟征彦的画坊，两人为一本画册，遍访记忆中梦幻的村庄，将时光倒叙至童年生活──1948年，自小有画画天份的□生兄弟，因母亲兼老师的教学态度，使村内同学对他俩轻蔑及冷嘲热讽，于是二人独自游玩，与大自然为伴，以抒发心中情绪；母亲的教育，把孩子对人、事、物的好奇，变成自然的成长……

　　丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。
　　其实这片遗迹是妖精族留下来的，在此地还 封印了一个叫做帝斯基多拉的宇宙怪兽。6500万年前从外星而来的它毁灭了一切植物，导致了恐龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽帝斯基多拉的。
　　对此毫不知情的裕一将这枚盾牌带回了位于都内自己的 家并把它作为挂饰送给了自己的女儿，然后自己又返回到了采伐现场。黑色妖精贝拉贝拉飞来抢夺这枚盾牌并与对立派莫儿、罗拉姐妹展开了盾牌争夺战。在被莫儿、罗拉姐妹告知盾牌和封印的由来的后藤一家与莫儿、罗拉姐妹一起准备前往纹别。但在纹别的却出现了一块巨大的岩石。在后藤一家的协助之下罗拉姐妹夺回了盾牌，但是怪兽帝斯基多拉却从岩石中复活了。它像恶魔一样恐怖。为了打到怪兽帝斯基多拉，莫儿召唤来了摩斯拉。但是摩斯拉刚刚产完卵，寿命不长的她和怪兽之间陷入了苦战。为了助自己母亲一臂之力早产的 幼虫通过自己的丝和光线支援母亲作战。
　　摩斯拉不断挑战怪兽，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸，但是摩斯拉拼尽了全力最终沉入了海底。在这之后，幼虫在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次诞生了。于此同时怪兽也已经重新恢复到毁灭地球时的完 全状态，新的摩斯拉与怪兽再次交战，他以压倒性的力量和优势再次将怪兽封印到了地下。此后，摩斯拉让被怪 兽烧掉的已成荒芜的北海道瞬间重获绿色，并和莫儿、罗拉姐妹一起返回到了家乡。