琴(法米克·詹森 Famke Janssen 饰)的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根(休·杰克曼 Hugh Jackman 饰)恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女(哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰)和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王(伊安·麦克莱恩 Ian McKellen 饰)四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授(帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

　　在一个静寂肃杀的夜晚，居住在镇上的柯迪（保罗·麦卡锡·波英顿 Paul McCarthy-Boyington 饰）、杜克（布莱德·威廉姆·汉克 Brad William Henke 饰）和欧提斯（麦克·C·威廉姆斯 Michael C. Williams 饰）穿梭在阴森的丛林中，几番交手最终抓到一只形容恐怖的异种怪兽。它的眼睛能够迷惑人的心智，被其伤害后全身会因感染而溃烂，最终痛苦死去。柯迪的哥哥提米15年前即死于异种之手，多年来他和同伴一直往返森林和小镇，寻找复仇的机会。
　　这次他们带着异种来到当年的好友韦尔（亚当·考夫曼 Adam Kaufman 饰）家中。柯迪、杜克受伤被感染，韦尔的女友紧张之余还打电话报警。混乱之际，异种挣脱锁链逃脱，恐怖在斗室之中蔓延……

　　彼得·加里森（迈克尔·道格拉斯 Michael Douglas 饰）是美国白宫的一名特工以及第一夫人的贴身保镖。20年的特工生涯以及当年为总统挡下一枪的事迹都令他毫无疑问地成为特勤局里的明星。然而彼得万万没有想到的是，有一天他也会成为追捕对象。彼得接到消息说白宫内部混入了纳粹分子，暗杀总统的阴谋在酝酿，但掌握线索的特工查理随后却被残忍杀害。行事干练的特工大卫（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）和新手马琳（艾娃·朗格利亚 Eva Longoria 饰）受命负责此案，并对所有特工一一测谎，然而彼得却未能通过，他与第一夫人的暧昧关系也开始在局里流传，阴差阳错之间，彼得被认为就是那名预谋暗杀者。然而当所有人都竭力追捕彼得之时，真正的杀手正一步步向总统逼近。为了保护总统，逃亡中的彼得唯有说服大卫和马琳共同缉凶，才有可能扭转局面……

　　20年后的人类社会，正面临着前所未有的灭顶之险——所有的人类都丧失了生育能力，而东欧和非洲国家已经四分五裂，人口向英国等富裕国家大量迁移。
　　然而在英国境内，人们正陷入一片混乱和恐慌中。人人都为世界末日的到来而焦躁狂暴。非洲女孩肯（克莱尔-霍普•阿什提 Claire-Ho pe Ashitey饰）非法移民到这个国家，但令人振奋的是她腹中竟然怀有孩子。为了保住人类唯一的血脉，警察蒂奥（克里夫•欧文 Clive Owen 饰）和前妻朱丽（朱丽安•摩尔 Julianne Moore 饰）决定不惜一切代价将肯安全离境，但枪林弹雨却使他们举步维艰。
　　在逃亡中，婴儿出生在了一个难民营里。刀枪当前，保住人类最后的希望，成为蒂奥心中唯一的信念。

　　“水妖”的传说在西方家喻户晓，据说那是一群住在海、河或森林中的美丽少女。一栋公寓的门卫克里夫兰（保罗·吉亚玛提 Paul Giamatti 饰）在夜里巡逻时，发现在游泳池里有一位少女，他救她出来，得知她名叫斯托丽（布莱丝·达拉斯·霍华德 Bryce Dallas Howard 饰），原来就是传说中的水妖，正在被怪兽追逐。为了帮助斯托丽回到原来的世界，克里夫兰找来许多大厦住户帮助，也慢慢爱上了这个与众不同的女孩，可惜时间紧迫，斯托丽在这个世界耽搁越久，越会惹来怪兽袭击，甚至开始威胁这个世界人们的生命……