延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。

　　长江三峡，考古学家掘出庞然巨物，手工奇劣，一看竟是麦子仲肥又一废物出土！麦子，名兜，字仲肥，是我国一位吃饱撑的思想家、发明家。正当大家不知如何处置这大而无当之物，一位怀疑是麦子十八代后人的小朋友，麦兜（郭君彦/张正中 配音），正与妈妈麦太（吴君如/宋丹丹 配音）一起在香港发呆。
　　麦兜很慢，很乖，很钝，被评定为多元低智能。麦太也好不了多少，半辈子乱冲乱扑，却都在扑空。为了自己，为了麦兜，麦太决定带麦兜来内地闯天下。到了武汉，麦太忍痛先把麦兜送到山上一武术学校“太乙春花门”寄宿。山上生活清苦，掌门道长（黄秋生/张立昆 配音）呆头呆脑。麦兜无心习武，最大的乐趣是跟小同学偷入炼丹房煮方便面；值得庆幸的是，麦兜的身边还有一位可亲的助教“熊宝弟弟”，不时照顾麦兜。
　　“世界幼儿园武术大赛”即将举行，“太乙春花门”小朋友软手软脚，看来只有挨揍的份儿。“国际幼儿园武术大赛”，麦兜迎战各地好打小朋友。这时，麦兜祖宗麦仲肥的巨物突然当、当、当的响起。原来这是个一年等于一秒，每三千六百年才报一次时的大钟…大成若缺，大器晚成。麦兜忽然领悟出太极拳，以至自己生命的道理……

这是一个有关爱与回忆的故事。                                                                      　　长得好不出众、甚至有点难看的父亲和长相漂亮却脾气不好的母亲走过了一个有一个结婚纪念日，他们有了三个女儿和一个儿子。孩子们对于如此没有交集的父母为什么走到一起充满好奇。于是，父母讲述了他们从相知到结婚的点点滴滴。两个人最初话不投机，从外貌到性格都背道而驰。他们始于相亲，然后慢慢了解、磨合，成了天下最普通的一对夫妻。                                                                      　　真实的生活中鲜有浪漫，更多的是平凡。