由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一起炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行踪。时间流逝，险恶的阴谋浮出水面……                                                                      　　本片为《名侦探柯南》漫画连载二十周年的特别企划，编剧请到《盗钥匙的方法》的导演/编剧内田贤治担纲，香川照之、广末凉子受邀为《盗》中自己的角色再度配音。

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。                                                                      　　狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……

　　名不见经传的画家桐村忍（水川麻美 饰）与新搬入公寓的高村胜相恋成婚，过上了还算舒心的生活。某天，去超市购物的忍因涉嫌使用假钞被店员抓住，而且监控分明记录了她犯案的全过程。稍后不久，赶来的刑警加纳隆（泷藤贤一 饰）将忍带走，刑警表示相信忍的辩白，并将她带入一个神秘会场。那里由姓饭冢（丰原功补 饰）的人主持，另有大学生御手洗巧（千贺健永 饰）、家庭主妇门仓真由美（酒井若菜 饰）等不同身份的人。他们此前均饱受二重身的困扰，所谓二重身是和本人无论从容貌还是记忆均一模一样的虚幻之体，二重身会破坏本体的生活，夺走他们最重要的东西，甚至最终杀掉本体。忍和这些受害者该如何保护自己的人生？
　　本片根据法条遥的同名原作改编。