在征伐连年的战国乱世，突然出现了一个身着21世纪服装的高中生，他叫三郎（小栗旬 饰），因不小心从山坡上跌落下来而离奇地穿越了时空。一头雾水的他稀里糊涂和与自己长得一样的织田信长（小栗旬 饰）互换了身份，随后被家臣们拉拉扯扯带回了城中。此时尾张家所处的形势非常不妙，其被美浓、甲斐、今川团团围住，随时都有倾覆的危险。在内信长的弟弟信行（柳乐优弥 饰）则图谋继承家业，而斋藤道三的女儿归蝶（柴崎幸 饰）更对信长冷眼相待。三郎被战国的血腥残酷所震慑，他在此期间还意外发现其他从未来穿越而至的人。一个对历史没有半点积累的小青年，就这样肩负起左右日本命运的重任。三郎版的织田信长，最终能否夺取天下？                                                                      　　本片根据石井あゆみ的漫画原作改编。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散。                                                                      　　调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……

韦斯特（纳查·佳塔潘 Natcha Juntapun 饰）是衔着金汤匙出生的千金大少爷，从小体弱多病的他受到了父亲和母亲周全的照料，因此个性有些懦弱和胆小。韦斯特的心里有一个名为玛斯妮（婉娜拉·宋提查 Wannarot Sonthichai 饰）的女孩，玛斯妮和妈妈一起经营着一家花店。虽然韦斯特从很小的时候起就喜欢上了玛斯妮，但对于玛斯妮来说，韦斯特只是一个亲人一般的存在。                                                                      　　实际上，韦斯特还有一个哥哥名叫罗宋（友塔纳·布格朗 Yuttana Puangklang 饰），但是罗宋并不知道韦斯特的存在。一天，罗宋偶然在花店里捡到了玛斯妮，被后者的温柔和美貌所吸引，就这样，他和弟弟爱上了同一个女人。

一位名叫托拉尼 (Torranee) 的护林员卷入一伙非法走私者时，导致他和他交往了七年多的男朋友肯（Ken）被被追了七年。他们都被逼得走投无路，从陡峭的悬崖上摔了下来。几个月后，肯醒来时没有爱人在身边。 随着岁月的流逝，事情开始变得不顺利有人出现了，而且和他以前的爱人很像。旧的记忆又回来了，现在环绕着他，而肯开始怀疑Torranee没有死而他可能就是那个人......