故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章 配音）、中岛匡幸（福山润 配音）和大神信（保志总一朗 配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。                                                                      　　某日，厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起，前往传说中的诅咒之地探险，在“现世”和“幽世”的交接处，三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中，三人匆忙逃跑，却发现灵魂竟然脱离了肉体，当他们再度找回肉身之后，一切都改变了，三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时，古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。

由曾担任《机动战舰》角色设定而闻名的后藤圭二担当监督的《机神大战》即将被制作成动画，搬上荧屏。《机神大战》故事讲述了人类在经历了被称为“赤道之冬”的种族灭绝危机之后，存活下来的人类开始以机器人互搏的方式重确立新的世界秩序（也就是为了重新瓜分世界）。然而代表日本参加协力机器人决斗的两位机师却是年仅13岁的少年以及14岁的少女。

　　安冈紫音（川澄绫子 配音）有着非常悲惨的童年，双亲惨遭凶手杀害，而年幼的她则成为了唯一的目击证人。因为受到过度的惊吓，紫音失去了说话的能力变成了哑女，住在隔壁的将棋职业棋手安冈信次无法对无家可归的紫音置之不顾，于是收留了她。就这样，紫音来到了安冈家，开始接受将棋训练。
　　出生于富贵之家的千金大小姐二阶堂纱织（水野理纱 配音）、男扮女装的斋藤步（朴璐美 配音）、温柔善良的久谷彻，在学习将棋的道路上，紫音结识了这些值得信赖的伙伴们。与此同时，紫音也从未放弃过追踪父母死亡的真相，她发誓要将双手沾满鲜血的凶手捉拿归案。

　　公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。