第一季最后一集下播的2周后，《怪物猎人物语 第二季》将开启新的章节，骑手少年们将迎来新的敌人！

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

　　21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

　　这一天，身材高大，对篮球有着无限执着的赤木刚宪（三宅健太 配音）、从高一起就担任球队主力的超级新星流川枫（神尾晋一郎 配音）、初中时代曾获得MVP荣誉，在高中时代重新拾起了对篮球的热情的三井寿（笠间淳 配音）、身材矮小却拥有着惊人的速度和高超的运球技巧的宫城良田（仲村宗悟 配音），以及高中时代才开始接触篮球，却拥有着强大的爆发力和无限潜力的樱木花道（木村昴 配音），湘北篮球队的这五人终于站上了全国大赛的赛场，他们所要面对的，是日本最强球队山王工业。
　　和激烈的篮球赛同时叙述的，是宫城良田的一生，他从哥哥那里继承了对篮球的激情和信念，却一直都活在优秀的哥哥的阴影之下。该动画电影由漫画《灌篮高手》的原作者井上雄彦亲自操刀，为所有人的青春画下浓墨重彩的句点。

　　故事发生在一个虚构的奇幻世界中，在这个世界里，每个人一出生起即拥有一本生命之书，所有人的一生，都会顺应着书中所写的脚本按部就班的发展下去。埃克斯（逢坂良太 配音）是其中的异类，因为他的生命之书竟然是空白的。为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。
　　身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。

　　这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。
　　人的细胞数量，约为37兆2千亿个。
　　细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。
　　运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！
　　这里，有着细胞们不为人知的故事。

　　1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。
　　2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。
　　在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。

　　单行本24卷 OVA付

　　佳纪和光住在乡下小村庄，两人一起长大，从小形影不离。
　　燠热难当的艳阳。
　　此起彼落的蝉鸣。
　　回家路上的冰淇淋。
　　那天，一个再完美不过的平凡夏日，他们随口闲聊，哈哈大笑。
　　佳纪忽然转头问光：“其实你不是光吧？”
　　六个月前，光在山里走失，一星期后离奇归来。
　　这个光的容貌和言语都与原本的光别无二致，但他体内有某种不太对劲的东西在骚动。
　　“光已经不在了，那样的话，你……”
　　佳纪继续与那个模仿光的“东西”相处，假装一切都没有改变。
　　然而，村庄里却开始怪事频传。
　　渐渐坠入某个未知的“东西”……
　　以成长为主题的恐怖故事拉开序幕。

　　一之濑海（齐藤壮马 配音）自幼就非常热爱钢琴这门乐器，是公认的天才钢琴少年。一次偶然中，海在森林里发现了一架废弃的钢琴，只有海能够通过这架钢琴演奏出美妙的音乐。这架特殊的钢琴锻炼了海的演奏技巧，让他获得了和常人比更多的经验。
　　阿字野壮介（诹访部顺一 配音）曾经也是一名天才钢琴师，然而，一场意外的车祸让他不得不告别了自己的职业生涯，对过去耿耿于怀的壮介成为了海的叔父，将自己未能完成的期望寄托在了他的身上。雨宫修平（花江夏树 配音）是海宿命般的对手，两人亦敌亦友，互相竞争，齐头并进。

日野秋晴（兴津和幸 配音）从小就失去了父母，无依无靠的他被叔父收养，悲惨的命运令秋晴的肩膀上背负了沉重的枷锁。白丽陵高中以其培育完美无瑕的大小姐的能力闻名世界，近日里，学校新设立了“从育科”，为的是培养能够配得上完美大小姐的管家和女仆，日野秋晴通过了考试，成为了校园里的新学员。                                    
                               　　因其怪异的造型和凶恶的眼神，秋晴在校园中被视为异类，让他没有想到的是，在这里，他竟然同儿时的玩伴彩京朋美（川澄绫子 配音）重逢了，而正是这位外表单纯无害但个性十分腹黑的少女，给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤，而这场意外的重逢是否意味着，秋晴的噩梦还要继续？

　　两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。

　　因为希望引起美丽女孩赤木晴子的注意，曾经的不良少年樱木花道加入湘北篮球队，展开了全新的青春人生。在与陵南的艰苦对决过后，樱木迎来了人生的第二场比赛，对手是女生人数超过70%的武园学园高等学校，因为男生少，武园篮球部的男生分外努力，而他们的女子啦啦队也格外热情高涨，因此武园篮球部可谓实力和人气兼备的超级对手。在比赛前，樱木重逢初中时代表白后曾拒绝他的女孩叶子，叶子爱慕武园的9号球员小田，他们和樱木出自同一学校。小田视篮球如生命，他坚决反感樱木这样的坏小子进入球场。旧日同窗重逢，交织着各样情感的比赛由此展开……
　　本片根据井上雄彦的同名漫画改编，为该动画的第一部剧场版。