遠き過去。とある惑星にて文明を築きし「ゼノ・パレス」は、その文明の発展ゆえに自らの母なる惑星を壊し、自分たちの生き残る道を宇宙へと求めた。彼らは自分たちの遺伝情報を移民戦艦に封印。一部の選ばれた民が船を動かすために動き、他の民は彼らに希望を託して永い眠りにつく。
　　選ばれた民である移民船の乗組員たちの目的はただ一つ。宇宙のどこかにあるという、彼らを受け入れし「約束の星・テーラ」を探し出すこと。そしてテーラへの移民だった。
　　そして、ついにテーラは見つかる。しかしそこには独自の進化を遂げた初期段階文明の人間たちがいた。この事実に「ゼノ・パレス」は真っ二つに分かれる。一つは初期文明の人間を抹殺もしくは支配して移民をすぐさま完成させようとする強硬派。もう一方は長い年月をかけた話し合いによって現地文明と歩み寄り解決を見出そうとする穏健派だった。
　　二者の争いは戦争にまで発展。しかし争いに長ける事の無い穏健派は全く逆の強硬派に押されていく。そして穏健派は滅びの寸前に最後の手段を強行した。それは自らの持つ三体の「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれるロボットとそれを格納する戦艦をテーラに飛ばし、原住民に託して強硬派と戦わせることだった。
　　流れる星となってテーラに落ちる「ゼノンズ・ガーディアン」は、その星で「日本」と呼ばれる国の蝦夷地、江戸、薩摩と呼ばれる土地に落ちた。そして、ロボットと戦艦はその地に生きる原住民たちの手によって地中深くへと封印されたのである。それが江戸時代のことであった。
　　そして時は流れて現在。ついに準備を整えた「ゼノ・パレス」は地球侵略の狼煙を上げる。テーラと呼ばれし星・地球が危機に陥ったとき、北海道、東京、鹿児島のそれぞれの土地から、その命運をかけて希望の光が飛び立つ！

嫡子誕生に沸くボーダー城。しかし、征服王マーダルの人馬兵の軍勢が突如侵攻してくる。圧倒的な戦力差の前に城はたちまち陥落、ボーダー王も戦死する。忠臣アズベスと共に辛くも城を脱出した王妃フェリアだが、追っ手に捕らえられ、残された王子ジョルディはアズベスの孫「ジョジョ」としてひそかに育てられる。アズベスとジョジョは惑星アーストの伝説に残る鉄巨人を捜し求める放浪の旅を続け、12年後に反マーダル勢力が立てこもる白い谷に辿りついた。マーダル軍の攻撃の中、少女チュルルに導かれたジョジョは古の鉄巨人「ガリアン」を発見し、征服王マーダルとの戦いをはじめるのだった。

30世紀の未来、人類は太陽系全体に居住圏を広げ、植民惑星は50以上を数えていた。                                                                      　　大規模な戦争などは収まったものの、ブラディ・シンジケートをはじめとする巨大な犯罪組織が暗躍、表面的な繁栄と爛熟、堕落と腐敗の時代を迎えていた。                                                                      　　2911年7月8日、主人公のI・C・ブルースは、アステロイドのカジノ星・J9ランドで犯罪シンジケートの大ボス、ブラディ・ゴッドと出会い、新太陽系の主要惑星50個を1年以内で全て踏破できるかという、世紀の大勝負をすることになる。                                                                      　　ブルースとその仲間たちは、800年前の伝説的英雄・コズモレンジャーJ9にあやかってJJ9（ダブルジェイナイン）を名乗り、シンジケートの妨害と戦いながら、蒸気機関車型自家用宇宙トレイン・J9-III号を駆って賭けに挑む。