在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中，每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫，白鬼院凛凛蝶（日高里菜 配音）和御狐神双炽（中村悠一 配音）的故事就由此开始。
　　在妖馆中，还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜（细谷佳正 配音）和他的护卫雪小路野蔷薇（日笠阳子 配音）；不良正太渡狸卍里（江口拓也 配音）和他的护卫夏目残夏（宫野真守 配音）；狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉（杉田智和 配音）和他倒霉的护卫髅髅宫歌留多（花泽香菜 配音）。在和这些同类相处的过程中，凛凛蝶找回了久违的快乐，同时，返祖妖怪们丢失的记忆也逐渐的浮出了水面。

　　在一座古风盎然的城市，樱花乱舞的季节里，少年关耕儿（本城雄太郎 配音）与青梅竹马凉浦夏希（渡边麻友 配音）过着平凡快乐的生活，他们斗嘴吵闹，暗藏心事。新学期伊始，英俊帅气且神秘迷人的转学生京极亮一（小野大辅 配音）来到耕儿他们所在的班级，这名男孩吸引了女孩们的注意力，其 中包括美丽矜持的学生会主席春河香织（花泽香菜 配音）。性格大条的耕儿暗恋香织，谁知女神却早已迷醉在京极那优美动听的钢琴演奏之中，而夏希的脾气宛若夏日的太阳雨一般变得捉摸不定。与此同时，随着京极的到来，匪夷所思的时间相继发生，有如幻梦般的夏天，带领少男少女朝向彼方……
　　本片根据眉村卓的同名小说改编。

　　拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。
　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。
　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

　　曾经热爱唱歌的坂井和奏（高桓彩阳 配音）在母亲去世后就此紧闭了双唇，愧疚和悔恨一直折磨着她脆弱的灵魂，这也导致本来在年音乐特长班的她转到了普通班。一次偶然中，和奏认识了同班同学宫本来夏（瀬户麻沙美 配音），来夏对音乐的热爱感染了和奏，也唤起了她对于音乐久违的热情。冲田妙羽（早见沙织 配音）的出现彻底奠定了和奏重拾音乐的决心，合唱部应运而生。
　　随着维也纳转学生前田敦博（花江夏树 配音）的出现，合唱部的人气达到了顶峰，有了音乐的每一天，和奏都和伙伴们快乐的渡过着，母亲坂井真昼（大原沙耶香 配音）给和奏带来的困扰也逐渐的转化为了生活的动力。

　　由于违反了宿舍规定而被逐出住所的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫流落在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果然，接二连三出现的怪人让空太更加确信了流言的可信度，但在相处的同时，空太也发现，虽然身为问题学生，但樱花庄稀奇古怪的住 客们其实都有着天真和善良的心地。
　　202号房的椎名真白（茅野爱衣 配音）梦想着成为一名漫画家，只能画一手好原画的她一直都苦于剧情的构思。201号房的上井草美咲（高森奈津美 配音）由于过于专注于动画的制作，而被认为浪费了画漫画的才能。103号房的三鹰仁（樱井孝宏 配音）在女性之间有着极高的人气。203号房的青山七海（中津真莉子 配音）以其过于执拗的性格荣幸成为了整个樱花庄最正常的一员。在这些怪人的围绕下，空太和猫咪们的崭新生活开始了。

　　作为学校成绩名列前茅的水谷雫（户松遥 配音），实际上却有着和可爱外表超级不相配的冷漠性格。在她的眼里，将书读好，把钱赚够，这就是她梦寐以求的生活，至于其它的一切，都不过是会干扰她向目标迈进的浮云罢了。就是这样的雫，居然接到了一个非常棘手的麻烦——去给学校闻名遐迩的不良少年吉田春（铃木达央 配音）送讲义！
　　虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现，吉田春并不如表面上所看到的那样乖僻的粗暴，正相反，在他高大的躯壳里，居然藏着一颗害怕伤害他人的善良的心。因为害怕伤害，所以索性就全然拒绝，这就是吉田的处事哲学。而对于吉田来说，曾经看不上眼的优等生雫，也有着天真和细腻的一面。这样的两人在误解中渐渐的相互吸引着，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。

曾经热爱唱歌的坂井和奏（高桓彩阳 配音）在母亲去世后就此紧闭了双唇，愧疚和悔恨一直折磨着她脆弱的灵魂，这也导致本来在年音乐特长班的她转到了普通班。一次偶然中，和奏认识了同班同学宫本来夏（瀬户麻沙美 配音），来夏对音乐的热爱感染了和奏，也唤起了她对于音乐久违的热情。冲田妙羽（早见沙织 配音）的出现彻底奠定了和奏重拾音乐的决心，合唱部应运而生。                                                                      　　随着维也纳转学生前田敦博（花江夏树 配音）的出现，合唱部的人气达到了顶峰，有了音乐的每一天，和奏都和伙伴们快乐的渡过着，母亲坂井真昼（大原沙耶香 配音）给和奏带来的困扰也逐渐的转化为了生活的动力。

　　为了纪念着一去不复返的夏天，喜爱摄影的少年雾岛海人（岛崎信长 配音）决定和朋友们自导自演一部影片。正当影片准备动工之时，陌生女孩贵月一花（户松遥 配音）的身影吸引了海人的视线。海人被一花的外表和性格深深的吸引着，而这位行为举止有些怪异的转学生似乎隐藏着什么不可告人的秘密。
　　长相幼稚身材却姣好的谷川柑菜（石原夏织 配音），成熟稳重的石垣哲朗（荻原秀树 配音），性格胆小容易害羞的北原美樱（阿澄佳奈 配音），个性诡异不可琢磨的山乃柠檬（田村由加莉 配音），无论结局怎样，在这样的盛夏，和朋友们在一起度过的每一天，都将成为海人无法忘却的珍贵记忆。