位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　将自然现象、物理法则的再现与物质的生成以超物理的方式实行的技术体系「咒式」。通过这种咒式，人类将过去被称作「魔法」而受人畏惧的力量，成功地自由操纵。「咒式」给生活的各种领域都带来了恩惠，甚至大有将曾经飞扬跋扈的「龙」以及「异貌者」都驱逐之势，并实现了急速的发展。
　　靠使用咒式解决问题并赚取赏金为生的两位攻性咒式士，嘉优斯与吉吉那。在混沌的国境城镇艾理达那经营咒式士事务所的他们，收到了狩猎「龙」的工作，但那却是错综复杂的阴谋与策谋的开始——

舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。

　　时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。
　　但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。

　　新闻报道了怪盗团事件嫌疑人的莲自杀的消息，同时怪盗团也开始暗中展开行动。
　　为了揪出策划所有事件的幕后人物并让其改过自新，怪盗团决心潜入新目标的魔宫，并盗出宝物。

　　浑沌支配了大陆──人民畏惧著各种灾害。君王们手持著平息浑沌的〈圣印〉守护百姓。然而随著岁月流逝，君王们逐渐忘却了“守护苍生”的理念，为了争夺彼此的圣印和领地，掀起了一波又一波的战争……魔法师希露卡唾弃毫无风骨的各地君王，而浪迹天涯的骑士提欧则是为了解放受苛政所苦的家乡修练武艺。

　　平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感与名字茂夫的谐音被周遭人称为龙套（モブ）（路人），但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
　　历经每一次的成长，龙套开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，龙套无意识的压抑著情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，龙套体内积累的力量似乎也正蠢蠢欲动……

野本裕也（羽多野涉 配音）是一个平凡的大学生，一天，走在路上的他在机缘巧合之下和名叫瞳（雨宫天 配音）的少女相遇了。让裕也没有想到的是，看似清纯可爱的瞳，竟然化身成为了狂暴的野兽，和同样由人类变成的狮子展开了你死我活的争斗。原来，瞳是拥有着动物力量的兽斗士，而她的代表动物是极为好斗的蜜獾。                                    
                               　　之后，各种各样的兽斗士出现在了裕也的身边，有拥有猎豹之力，对哥哥十分痴迷的中西获座（内田真礼 配音）、和兔子一样擅长躲避的稻叶初（上坂堇 配音），这些兽斗士被控制整个日本经济命脉的四大财团所雇佣，进行名为“牙斗”的战斗。

　　白明与御子地。
　　住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。
　　在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上……
　　身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。
　　不去悄悄地偷看一下吗？
　　她们那安详而愉快，十分可爱的生活。

　　东京的宁静角落，生活着一个幸福快乐的三口之家。而今，这户人家即将迎来新的成员。十月怀胎，一朝分娩，再为人母的女主人（麻生久美子 配音）怀抱着襁褓中的女儿，在丈夫（星野源 配音）的陪伴下回到家中。因为数日未见，他们的儿子小君（上白石萌歌 配音）既难过又兴奋，而当他看到可爱 萌萌的妹妹时，又充满了欣喜与好奇。可是好久不长，仿佛突然之间，爸爸妈妈将全部的注意力都转移到小妹妹身上，似乎完全忽视了小君的存在。当妈妈外出工作时，爸爸愈加无暇他顾。生气，失落，难过，种种情愫困扰着小君，他对妹妹大发脾气，对爸爸妈妈感到失望。偏偏在这个时候，来自未来的妹妹未来（黑木华 配音）出现在这个“小哥哥”的面前。
　　以此为契机，小君经历了一段又一段难忘的时空之旅……

　　憧憬成为帅气的大魔法使的赛特，
　　为了打倒来自天空的怪物涅墨西斯，每天都在努力的进行魔法特训，
　　但赛特的训练一直不顺利，总是引起纠纷给村子里的人添麻烦。
　　某一日，巨型涅墨西斯袭击了村子，
　　为了拯救世界彻底消除涅墨西斯，赛特下定决心去寻找传说中涅墨西斯巢穴地，
　　在旅途中赛特不断的遇到新的伙伴与新的强敌不断的成长。

　　天野灯偶然得到一位名叫苏菲·托莱特的吸血鬼女孩的帮助，
　　并对她一见钟情。
　　灯不请自来地来到她家，半强迫地开始了同居。
　　苏菲虽是吸血鬼，却从不袭击人类，
　　而是通过订购获得血液以及爱好的动画周边，过着这种现代的平民生活。
　　这是一部与当下的吸血鬼美眉共度的同居喜剧。