《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。                        

　　长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃 配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里 配音），并把他培养成合格的接班人。 沢田纲吉外号废柴纲，就读于并盛中学一年A班，全科成绩平均17.5分，跳马只能跳三层，单杠向上翻转也不会，无论做什么事都不行的废柴。里包恩行为搞怪过激，让一向邋遢不求上进的纲头疼不已。但是里包恩通过必死弹，竟然让并盛中学的偶像笹川京子（稲村优奈 配音）对一直默默无闻的纲产生了好感。纲慢慢开始接受里包恩的改造，过起了欢乐和恐怖的生活，并向黑手党首领一步步迈进。

　　故事发生在银成学园中，在这里，出没着许多被邪恶炼金术士所创造出来的人造生命体，他们会攻击人类，靠吃人来吸收能量，维持生存。武藤和树（福山润 配音）本是一位平凡的高中生，某日，他发现一位少女正在遭受怪物的袭击，和树出手相救，却死在了怪物的攻击之下。
　　被袭击的少女名叫津村斗贵子（柚木凉香 配音），其真实身份是一名炼金战士，津村斗贵子用自己研制的“核铁”替代了武藤和树的心脏将其复活，就这样，武藤和树成为了拥有“突击抢”能力的人造生命体，亦就此进入了充满了怪物赫姆克鲁斯的战斗世界之中，为保护人类安全献出自己的力量。

　　因为双亲被杀，特尔（堂本光一 配音）和弟弟莱伊（高山南 配音）被放逐到了危险的兽王星上，这是一个被女性统治的星球。在这里，居民按肤色被分为“茶”“白”“黄”“黑”四“轮”，而每轮都有三位领袖人物，战争在这四轮之间不断的上演。在逃亡的过程中，特尔与莱伊失散了，同时，特尔也得知了父母遇害的真相。得知莱伊已死的特尔悲愤交加，他决定坚强的生存下去，为弟弟和父母报仇。
　　在茶轮的首领挑战赛中，特尔获得了胜利成为了茶轮的首领。而他的目的并不止于此，他希望成为的，是兽王星真正的、唯一的统治者。在萨德（小栗旬 配音）的帮助下，特尔一路过关斩将，而当他踏上最后的战场时，出现在他面前的对手，竟然是莱伊。

　　在爱迪·奥特曼离开地球后的25年，人类终于渡过了名为“怪兽频出期”的恶梦，时间飞逝直到当一次怪兽袭来时，地球的全新防卫队CREW GUYS JAPAN队只剩一人幸存。
　　在此同时，被奥特之父派遣来地球的宇宙警卫队新人梦比优斯·奥特曼来到了地球，并化身成“日比野未来”，与其他新加入的GUYS队员们，一同展开与怪兽决斗的战役。
　　并透过未来的角度，描述了历代超人战士保卫着地球的过程，GUYS队员们的羁绊及梦比优斯自我成长的故事。

　　悪・即・斬！！
　　“戦災”という名のもう一つの戦争――。
　　戦争があった―。敵対するフロスト共和国との永きに渡る戦乱……。停戦が結ばれて三年の月日が流れたにもかかわらず、国民の困窮はいっこうに解消されてはいなかった。事態を憂慮した軍上層部は、飢餓、疫病、野盗化兵といった“戦災”からの復興を任務とする部隊 ― 陸軍情報部第3課を設立する。帝国の不穏な状況、貧者の反発にも屈せず、貴族の誇りにかけて復興を成し遂げようと日々奮闘するアリス少尉。そして、謎の極秘部隊への所属暦を持つ、驚異的な戦闘能力を有するオーランド伍長。心に深い傷を負う彼は、新たな環境下、仲間たちとの交流を通じて“戦災”と対峙し、自らの進むべき道を模索していく・・・。社会を覆う欺瞞と腐敗の分厚い皮を、切り裂き、中身を暴き出す―。
　　ゆえに彼らは自らをこう名乗る。｢パンプキン・シザーズ｣と！

　　本作是以科幻时代剧为题材的搞笑漫画。作者的初连载作品。至2005年12月，漫画至第10卷发行为止，累积总计卖出超过500万本。
　　银魂的OVA于“JUMP FESTA・ANIME TOUR '05（ジャンプフェスタ・アニメツアー'05）”上映。制作单位为SUNRISE（サンライズ）。
　　银魂的电视动画由2006年4月4日开始, 每周星期二19:00于东京电视台（テレビ東京）播放。制作单位同样为SUNRISE，监督为高松信司。
　　银魂已游戏化，并将于2006年9月21日推出NDS的生活模拟游戏-‘銀魂 でぃ～えす 万事屋大騒動！’。
　　江户时代末期（本作的20年前）, 被称为“天人（あまんと）”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。

在银河的中心支配宇宙的贵族联合舰队与在贵族联合军中崭露头角的贝蒂率领的新贵族舰队发生激烈冲突。这场关系着宇宙命运的战斗以新贵族舰队的胜利告终。                                                                      　　之后，贝提建立了神圣帝国，成为初代皇帝。但是这场战争带来的并不是和平，而是新的专制制度的开始……于是，为打倒贝提政权而站起来的是密雪尔率领的人民军。                                                                      　　有一天，他们潜入了贵族的结婚仪式，成功夺取了领土战舰，但被玛可涅率领的神圣皇帝军舰队的追击击败。当密雪尔被投降的人献出去时，将宇宙的黑暗切断的光芒贯穿了玛可涅的巨型舰。这道光，代表了库雷奥所率领的玻璃舰队压倒性的强大。                                                                      　　舰长库雷奥放言，为了延续王家的血，让王家复辟，他要用这一艘战舰取得天下。在她身上，密雪尔看到了新时代救世主的影子。                                                                      　　另一方面，虽然十字星法王格尔纳为女儿蕾切尔向贝提求婚，却以时机尚早为理由遭到拒绝。但是，在那晚的假面舞会上，在互相不知道底细的情况下，贝提与某个女性相遇。被各种邂逅引导，他们的命运将是……

乌森之地有着不可思议吸引妖怪的力量，凡是接近那儿的妖怪，都会得到强大的力量而急剧进化、变强。年幼时，因为良守同情一只妖怪，而使它产生变化，就在千钧一发之际，时音救了他，却也因此受了严重的伤。良守非常自责，下定决心要变的更强，保护时音.然而结界师所要面临的危险远不是他想的那么简单..

　　一名戴面具的男子自昏迷中醒来，回忆一片空白，然而眼前所见到的，却是长着耳朵和尾巴的怪异女子。原来女子名叫艾露露（柚木凉香 配音）。艾露露告诉男子，她是“亚人类”，她和她同族的同伴们住在远离城市的深山之中，靠种植和农耕过着朴素的生活。族长将哈克奥罗（小山力也 配音）的名字赐予男子，从此，哈克奥罗便在这宁静的山村里过上了平静的生活。村子里住着一群善良快乐的人们，哈克奥罗运用自己的智慧帮助村民们开垦耕种，极快的提高了粮食的产量，同时在村民中也有了很高的威望。
　　当村民们正为了这个丰收年而举族欢庆的时候，野心勃勃的藩主将贪婪的目光投向了他们。藩主克扣粮食又增加赋税，让本来就清贫的村民们不堪重负。终于，在忍无可忍之中，村民们爆发了，而带领起义军英勇战斗的不是别人，正是哈克奥罗本人。他们能推翻腐朽的统治吗？哈克奥罗的真实身份究竟是谁？这一切都在战争的推进中得到了解答。