在大城市过关五光十色生活的嘟嘟和哈哈，放暑假的时候被父母托付给住在城市边缘审核或的奶奶家。虽然奶奶很喜欢他们，但面对陌生、无聊的环境，他们产生了回家的念头。无意中闯入封存已久的地下室，遇见了猫公主小月，慌乱中嘟嘟、哈哈帮助小月顺利解决了困难，小月请他们吃冰淇淋感谢他们。第二天，嘟嘟和哈哈好不容易等到天亮，又偷偷走到地下室，看见梦想中的小月，他们欢喜雀跃地知道了昨天的一切都是真的。所有的故事也将由此展开……

　　地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)所威胁着。为了对抗Tanatos，人类以国际太阳系开发机构“ISDA”为发足点，秘密进行着一向不为人知的开发计划“D计划”，计划内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体“龙”进行生态兵器的开发，然后利用“龙”去直接破坏Tanatos，正在这个计划正在推进的同时，因事故在2年前失去家人的孤独少年与搭救他的迷之少女命运般的相遇了……有关谜之生命体“龙”是拥有高智能以及超级攻击力的究极生命体。在小笠原冲深海发现的卵状态的“龙”被送往“ISDA”秘密的进行着培育..

　　舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者　REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……

　　故事背景是在202X年，那个时候的科技已经到达了一个新高度，普通的笔记本电脑已经满足不了时代的需求。在儿童中间流行的是号称“电脑眼镜”的新科技产品。通过镜片可以获得电脑、电话般的功能，轻便的物体也在大人中间开始流行。六年级的小此木优子（折笠富美子 配音）因为父亲工作的调动，进入到大黑市的小学就读。和她一起来的还有她的妹妹晶子（矢岛晶子 配音）和宠物狗佐助。
　　在学校里，她先后认识了文惠（小岛幸子 配音）、和她名字同音的勇子（桑岛法子 配音）、原贤（朴璐美 配音）等人，后来优子又加入到了学校的电脑侦探局。看似平常的电脑眼镜背后却暗藏玄机，侦探局的一行人开始了和科技的大作战。

　　故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。
　　动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。

　　我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。
　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。
　　但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。
　　这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团
　　这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？
　　但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？
　　他最后能不能知道所有事情真相呢……

　　这是一个被命运背叛的男人，战斗、继续战斗、不断战斗的热血故事。
　　日复一日，地下村庄基哈村的少年西蒙始终拿着钻头挖掘，并习以为常。但是，西蒙的好友，被称为“大哥”的卡米那终日叫嚣着所谓地上的世界。“穿破天际，到地上的世界去看一看吧”卡米那每日这样想着。但一直未能成功。直到一天，巨大的机械怪物——“颜面”打破村子的天井，进入村子破坏。确认了地上世界的存在，卡米那热情高涨，与地上来的少女优子、小弟西蒙三人一起对抗颜面，并驾驶西蒙意外挖出的机械——“裸眼”冲出了天井，达到了地上的世界！
　　地球表面展现在少年少女面前，但其实地表上有更多的“颜面”，不断战斗的冒险故事就此展开。西蒙的未来，以任何人都无法想象的方向展开。

　　随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。
　　本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。
　　在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

　　遥远的，遥远的，时空的彼方。
　　宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。
　　创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。
　　三个种族回应了他们的呼唤。
　　黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。
　　当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。
　　黄金族把他们称为“黑铁族”。

　　和久隆（阪口大助 配音）、小高胜（保志总一朗 配音）、矢村大一（杉田智和 配音）、半井摩子（井口裕香 配音）等十五名少年少女，正满心希冀的准备迎接即将到来的暑假。就在此时，一位名为可可贝利的神秘男子突然出现，邀请孩子们参加一个电脑游戏。在游戏中，他们将会驾驶着巨大的机器人，和邪恶的外星物种进行战斗。
　　在半推半就之中，孩子们和可可贝利定下了契约，而契约一旦签订，无论发生了什么，孩子们都不可能放弃这个游戏。然而，让他们没有想到的是，巨大的机器人行动所使用的能源，竟然就是他们的生命，也就是说，无论是失败还是胜利，每一个驾驶员们所要面对的结局只有一个，那就是死亡。

　　不久的将来
　　政治，宗教，资源，环境等等对内对外依旧抱有多种多样的问题的
　　人类，讴歌着与其相对的繁荣
　　可是 位此画上休止符的时刻
　　以在眼前
　　蔓延到全世界的异行羽虫变异生物发生源随着洋流漂移而来
　　意识到了这些变异生物的人们组成了国际性对抗组织——N.I.D.F.
　　A.D.2015年
　　对于一齐出现在全世界的变异生物"哈提安"军团
　　N.I.D.F.能战胜它们吗？

若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。                                                                      　　这两人的相遇是偶然还是必然？互相对抗却又互相吸引的两个人，他们的心渐渐重叠在一起……