西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。                                                                      　　仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。                                                                      　　然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。                                                                      　　作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。                                                                      　　这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－                                                                      　　PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。

　　位于叶佩特斯半岛，以700年历史而自豪的大国——奥尔坦西亚王国。
　　王国的丰穰土地受到周边国的觊觎，数次暴露在侵略的威胁之下，但侍奉王国的两大公国——奥利维亚公国和科美利亚公国化作王国的剑和盾，使得王国在漫长的岁月中免于战祸。
　　然而，圣王历767年12月5日，科美利亚公国突然对奥尔坦西亚王国掀起反旗。
　　科美利亚公国的反叛，以及在叛乱的同时现身的魔物，使得奥尔坦西亚王国迎来了混乱时代……
　　在战乱的世间，陷身于多舛命运之中的骑士们。
　　由悲剧开始，宿命的继承与战斗，就此启动。

　　由于联合军的阴谋，先帝戈萨十五世陛下驾崩，年少继位的阿萨琳十六世在大臣的极力推动下，发动了对联合宇宙军的全面战争。与此同时，联合宇宙军也在全力备战，招募士兵。在诱人的美女征兵广告前，杰斯迪·植木·泰勒动心了，于是他来到征兵处，面对入伍动机询问，他给出了以下经典回答：军队这种地方，吃饭不要钱，制服和生活日常用品全部都……不要钱！又不用担心房租，要取得各种执照也轻易，再加上搭乘宇宙战舰的话，到达敌方以前整天可以在冷气密封仓里睡觉，同时可以坐着做工作，没有比这更轻松的行业啦！不是吗？同时呀阁下！退役后又有退休年金可以过悠闲的生活，这实在令人向往呀！如此回答，基本上没人会让这种人加入军队的，然后，泰勒的演讲开始了！

2031年，因维人（Invid）抵达饱经磨难的地球，宣布他们对史前能量拥有占有权。这个强大而善战的外星种族武装力量对地球守备军发起了摧枯拉朽般的攻势，在消灭了一切抵抗力量后，占领了地球。                                                                      　　得到消息的瑞克·卡特命令远征军（Robotech Expeditionary Force）舰队回航，于是庞大的船团开始转向。在主力舰队到达之前，已有数批先遣队抢先对因维人发动了攻击，然而等待他们的却只有恐怖和毁灭，因维军队轻而易举就使先遣队全军覆没。                                                                      　　占领地球的因维人几乎已到达进化的顶点。他们可以根据环境的需要，随意改变自己的形象和身体组成，甚至可以凭借自身的意志，将身体在物质态和能量态间自由转化。但具有讽刺意味的是，他们对史前能量的依赖性是最强的，表面上强大的适应能力被这致命的弱点牢牢束缚着，而拥有生命之花、作为“宇宙中已知最后一块史前能量聚集地”的地球，也就自然而然成为了它们的目标。                                                                      　　此时的人类虽然早已进入了星际殖民时代，但无论是在外星殖民地，还是遥远空间中行进的船团里，所有的人都把地球当做是他们的故乡。在他们的心目中，地球已经成为了一块圣地，是人类文明的象征。一方是为了夺回精神寄托，另一方则誓死要守卫最后的生存空间。于是在太阳系第三行星上，又一次发生了两个文明之间的激烈碰撞。                                                                      　　远征军先遣队的幸存者之一斯科特·博纳德在军队全灭的绝望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者。危难中他们团结一心，组成了活跃在敌人后方的游击队，在远征军对敌作战的同时与外星武装进行长年周旋。                                                                      　　漫长的战斗岁月里，游击小队先后遇到了两位以人类形式出现的因维族女性。斯科特与爱丽尔、兰瑟与希拉的爱情使因维女王瑞吉斯深感人类情感与文明对她族人的威胁，而日益枯竭的史前能量以及陆续回航的远征军，都使她感到地球不再是适宜种族进化的久留之地。                                                                      　　第三次宇宙大战的结局，再次以人类的胜利而告终，因维人在瑞吉斯的带领下，向茫茫宇宙的深处飞去，少数人则留下来，积极地融入了人类社会中。人类与外星人成功的结合再次证实了贯穿系列的主题：“爱能战胜一切”。                                                                      　　千千万万的幸存者从废墟中站起来，重新建造新的家园。太空堡垒时代的历史到此告一段落。也许在今后的日子里，人类还将面临更大的挑战，也许终有一天，人类文明也会步向终结，但只要还有美丽的歌声，只要还有爱，这个宇宙就永远不会寂寞。                                                                      　　在移民船团回航的途中，暗影堡垒III号(Shadow Dimensional Fortress Three)失踪了，没人知道它去向了茫茫宇宙的哪一个角落……

　　创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。
　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。
　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。
　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。
　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

　　鲁邦一伙洗劫了黑帮的赌船，而鲁邦自己对船上的大堆现金好像并无兴趣，他其实另有所图……
　　本作为鲁邦三世系列第十三部TVsp，于2001年8月3日播送