个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。                                                                      　　三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。

2100年,人类建立起了比较完善的社会系统,在此基础上,人类开始了向外宇宙进发的计划.正在这种扩张欲望开始无限膨胀时,没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了,这是一种希望拥有更广阔空间的物质,它一旦"溢"出,不把整个空间填满不会停止侵袭,而且它会将所有遇到的物质转化为原子,如果RYNAX"溢"出人类世界,后果将不堪设想                                                                      　　                                                                      　　天箕博士是一位量子物理学家,他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时,突然有两束光芒从试验装置中射出,并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ(12岁).女孩的身体被当场分解,而后又在光芒中重新恢复成人形.博士赶忙停止试验确认女儿的安危,但眼前的クラウ却说出了"我名叫RYNAX"                                                                      　　                                                                      　　故事会从试验事故10年后开始,博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者,但22岁那天,クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为"对"的女孩,还保持着クラウ12岁的形态.更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣,想方设法劫持她.                                                                      　　                                                                      　　故事设定本身涉及了很多微观世界的理论,估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题.

杀死勇者，杀死王者，魔兽得到了“命运之赤子”……                                                                      　　拥有超越人类智慧与毁灭性力量的魔兽之王克雷巴特斯，因被接到讨伐命令的 13 位勇者所激怒，决心毁灭人类。然而，他却意外地被托付了一件麻烦至极的东西——那是一名刚刚出生不久的人类婴儿。

　　失去亲人的痛苦让九路敬一郎（柿原彻也 配音）丧失了生活的热情，热爱音乐的他已经很久没有碰过那把曾经珍爱的吉他了。一天，敬一郎在垃圾堆里看到了一个少女模样的机器人，她的名字叫小花（浅野真澄 配音）。因为型号过去老旧，小花被曾经的主人残忍的抛弃了。在这个夏天，这个雨季，小花和敬一郎相遇了，一段传奇般的缘分开始运转。
　　为了使消沉的敬一郎振作起来，个性有些迷糊的小花学习起了唱歌，可是，越来越频繁的机能中断使小花一次又一次的失去了意识。在弥留之际，敬一郎带小花来到了她梦寐以求的海边，望着蔚蓝的大海和身边的朋友，小花的口中，竟然哼唱起了敬一郎所谱写的乐曲。小花离开了，但取而代之的是一枚用她的核心所制成的八音盒，小花的歌声，将永远陪伴在敬一郎的左右。