表面上，琴浦春香（金元寿子 配音）是一个外表可爱的普通少女，但只有她自己知道，自己所拥有的，能够读懂他人内心的超能令是多么的让她感到困扰。从小到大，因为这超能力，琴浦不知道受到了多少的伤害，而封闭心门，似乎成为了减少痛苦的唯一方式。
　　就这样，琴浦升上了高中，本以为压抑的生活还将继续，没想到，一群好友的出现彻底改变了她的生活。外表吊儿郎当但内心十分纯情的真锅义久（福岛润 配音），一心想证明超能力确实存在的御舟百合子（花泽香菜 配音），傲娇又天真的森谷日和（久保由利香 配音），在这些朋友的陪伴下，琴浦体会到了一种正面的能量，而她和真锅之间的感情也发生了微妙的变化。

　　主人公岛村乔，某日被神秘的男人们抓住改造成了人造人。在世界的暗影中活跃着的死亡商人“黑幽灵团（Black Ghost）”为了制作划时代的新商品•人造人士兵的试验品，偶然地选择了乔。但是，乔被先前改造的8名人造人和改造他们的吉尔莫亚博士告知了当下的情况后，与他们共同从黑幽灵团逃走了。
　　他们在得知黑幽灵团的野心后便不断阻止敌方的行动，然而拥有着同样力量的人造人战士却只有他们。胸中怀着人类的心和机器所没有的悲伤心情，人造人战士们为了粉碎黑幽灵团的野心而不断地持续着战斗。

　　故事开端为第一季故事的七年之后。
　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。
　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。
　　在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。
　　在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。
　　终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组成了Team·Try·fighters，能够在高达模型对战大赛中登场，向世界大赛展开挑战。

瓜皮头、蝴蝶结、锐利冰冷的眼神以及乖张的举止，是年仅4岁的幼儿园小女生小季子的经典标志。相较于同龄小朋友，这个女孩似乎过于成熟，她不屑于说没用的废话，“沉默是金”是无上的真理，而往往一出口便令听者瞠目结舌。她讷于言而敏于行，拥有可媲美忍者的矫健身手。                                                                      　　她还用“外星人”密码写日记、在劳作课上做出抽象立体派雕像、爱观察昆虫交配。除此之外当然也有一些搞怪的小毛病，比如会自己洗澡却忘记关浴室门，会擦全家人的皮鞋却不会系鞋带。这真是一个让爸爸妈妈哭笑不得的酷娃娃……

　　故事发生在私立汐美学园之中，这里汇聚着在各种方面有着杰出表现的孩子们，他们的身上，承载着整个城市的荣耀和希望。学园之中有着“睿智之城”美名的图书馆格外醒目，然而，在图书馆最深处的阅览室中，大幕正在徐徐的拉开。
　　有着旺盛求知欲的笕京太郎（间岛淳司 配音）、乐观开朗积极努力的白崎绪美（米泽圆 配音）、稳重认真深受信赖的樱庭玉藻（齐藤佑圭 配音）、外冷内热的御园千莉（山本希望 配音）、温柔善良的铃木佳奈（仙台绘里 配音）和大大咧咧的小太刀凪（种崎敦美 配音），六名互不相识的少年少女在冥冥之中汇聚在此处，即将展开他们波澜壮阔的冒险。

　　与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第一剑士。在一次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。

　　为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。
　　身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

住在意大利那不勒斯的青年乔鲁诺·乔巴拿，是继承了乔斯达家宿敌·DIO之血脉的儿子。                                                                      　　幼年时遭受迫害而自暴自弃的他，由于拯救了一名黑帮男子，而学到了“相信他人”。不忘恩义、带着敬意对待自己的黑帮，让他的心变得率直。就这样，乔鲁诺开始对“黑帮明星”怀有憧憬。15岁的乔鲁诺，与统领意大利黑社会的黑帮组织“热情”一同引发事端，并成为被盯上的目标……