故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入到悠关世界存亡的大战中去......

经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。                                                                      　　同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他们只关心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特姆流亡者们转移逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了。                                                                      　　侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在朋友帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲:斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史，但是就在这时，施莱德再度出现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……