超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。
　　时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。

　　拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。
　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。
　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

　　“我是想要让我成为同伴之人的同伴。仅此而已！”
　　失去了过去的记忆，平稳地生活着的高中生·黑井宗矢。
　　某天，他的城市突然遭到神秘的巨大兵器“星云兵器”的袭击。
　　宗矢与长得像猫的“老师”和哥特萝莉银子一起被卷入战斗当中，
　　但——没想到对手竟然是保护城市的7位英雄！
　　隐藏在宗矢记忆中的战斗理由究竟是？

　　故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。
　　美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。可是，美加子终于杳无音信了。
　　8年后，小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了：“24岁的小昇你好，我是15岁的美加子哦！……”手机屏幕上映出这样的话来。

　　动画作品「机动战士高达」的塑料模型通称“钢普拉”在1980年代掀起了一阵狂潮。如今，第2次钢普拉热潮，应该称之为新的浪潮席卷整个世界。受它的人气影响，于是有了“ガンプラバトル”。不是虚拟空间里的CG，而是通过操纵制作好的钢普拉来战斗，使用划时代的系统参加世界大赛。
　　故事的主人公入尾成十分钟爱钢普拉，参加钢普拉战斗世界大赛，是这个年轻的钢普拉builder的梦想。作为模型店唯一的一个儿子拥有者超高的钢普拉制作技术的他，却对战斗的操纵十分生疏，以至于在大赛出场的第一战就败北。他遇到了一个叫做雷吉的有着超凡的钢普拉操纵技术的迷般的少年，他们组队像世界大赛发起挑战，目标是参加世界大赛，然后胜利！