西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后…… 原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。 被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！

　　不久的将来
　　政治，宗教，资源，环境等等对内对外依旧抱有多种多样的问题的
　　人类，讴歌着与其相对的繁荣
　　可是 位此画上休止符的时刻
　　以在眼前
　　蔓延到全世界的异行羽虫变异生物发生源随着洋流漂移而来
　　意识到了这些变异生物的人们组成了国际性对抗组织——N.I.D.F.
　　A.D.2015年
　　对于一齐出现在全世界的变异生物"哈提安"军团
　　N.I.D.F.能战胜它们吗？

　　17岁的佃美奈是一位普通的女高中生，她一直憧憬着某一天能当上一位播音员。
　　有一天，美奈被露那电视台选为了特约高中生播音员，并可以与她的偶像：播音员甲州翠怜一起工作！这令她感到幸福得有些不切实际！！！
　　但是，她在一次主持体育节目的时候，突然卷入了宇宙人出现的事件之中！并且，也得知了她被赋予的重大使命…………

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
　　本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。