第一季动画《薄樱鬼 第一季》讲到土方带领新选组转移到江户， 因为时代变更，战斗的武器由传统的武士刀变为了枪。在历史的推动下，新选组的各位也有所变化。第二季最大的看点无疑是各个人物都“改头换面”，穿上洋装，剪短头发。动画走的是土方线是最为艰辛，最为伤感的一条线路，因为土方作为德川幕府和武士道精神直至最后一刻的末代武士的代表人物，不论漫画还是史实上土方都是见证了新撰组由盛到衰的全部，其中包括了近藤勇的斩首，冲田总司的病死，还有其他战友的战死，可以说制作方选择土方线进行制作是花了不少心思的

　　主人公岛村乔，某日被神秘的男人们抓住改造成了人造人。在世界的暗影中活跃着的死亡商人“黑幽灵团（Black Ghost）”为了制作划时代的新商品•人造人士兵的试验品，偶然地选择了乔。但是，乔被先前改造的8名人造人和改造他们的吉尔莫亚博士告知了当下的情况后，与他们共同从黑幽灵团逃走了。
　　他们在得知黑幽灵团的野心后便不断阻止敌方的行动，然而拥有着同样力量的人造人战士却只有他们。胸中怀着人类的心和机器所没有的悲伤心情，人造人战士们为了粉碎黑幽灵团的野心而不断地持续着战斗。

　　日本东北地区的某座深山里，国中生小町在一间祭拜熊的神社中，担任巫女的重责大任。有一天，小町对监护人，也就是名为那津的熊说：“我想去念都市的高中。”为了能够让不经世事的小町，拥有在都市中生活的基本能力，那津展开了一连串的试炼，要求小町通过考验。

　　西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……

　　芹沼花依（小林优 配音）是一个胖胖的平凡二次元女孩，精通耽美文化，喜欢意淫身边的帅哥。因为身材的原因，花依在班级中总是容易被忽视的那一个，可只喜欢二次元角色的花依对此并不在意，对“恋爱”也没有任何幻想。在喜欢的动画角色死掉后，心碎的花依日渐消瘦，竟然在误打误撞之中抵达了颜值的巅峰，并因此被卷入了复杂的感情漩涡之中。
　　运动万能的腹黑帅哥五十岚祐辅（小野友树 配音）、开朗率真喜欢孩子的七岛希（河本启佑 配音）、外冷内热沉默寡言的四之宫隼人（松冈祯丞 配音）、温柔呆萌恐惧密闭空间的六见游马（岛崎信长 配音），当这些英俊帅气的男孩子们渐渐被花依吸引之时，花依会做出怎样的选择呢？

　　游戏业界是一个与现实相异的世界，存在着四个由女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee，四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开长期战争。但是，因惧怕长期战争导致国力衰弱，女神们最终缔结了禁止武力争夺Share的《友好条约》。就这样，游戏业界迈向崭新的未来，四个国家的女神和候补生妹妹也开始了新的生活——。

　　两位主角是在NDSS游戏《荣幸星 萌钻头》中初登场的原创角色宫河日向和宫河日影两姐妹，她们也曾在《荣幸星》的TV动画中登场。宫河日向是一个粉发眼镜娘，靠在同人店打工赚生活费，爱好大批购置漫画以及同人志，因此生活过得很艰苦。年纪较小的是宫河日影，发色是水蓝色，发型很有个性，因为姐姐日向大批购置宅物的关系生活过得艰苦，所以不太爱好御宅族，与姐姐过着打算着如何才干省钱的生活。

　　1983年，受到异星起源种·BETA侵略的东德，被拖入了令人绝望的消耗战中。
　　在这样的战况中，テオドール·エーベルバッハ少尉所属于被称作东德最强部队的第666战术机中队“黑之宣告”，他不相信祖国与他人，只为了自己能够生存下来而作为卫士投身于战斗中。
　　有一次テオドール为了拯救在战场中孤立无援的战术机而和中队长アイリスディーナ·ベルンハルト大尉一同出击。
　　但是当得知救出来的卫士是西德军的カティア·ヴァルトハイム少尉的时候，アイリスディーナ不禁露出了惊讶的表情。
　　据カティア交代，她是为了亡命到东德而越过国境线，并提出希望加入第666中队。
　　中队的随军政治将校グレーテル·イェッケルン中尉虽一再进言此举将会引起支配东德的国家保安省的注意，但アイリスディーナ依然批准了カティナ的编入，并任命テオドール对她进行教育。
　　不想被国家保安省盯上的テオドール追问カティア亡命到东德的理由。
　　于是カティア回答道「为了寻找某个人而来」。
　　投身于在欧洲展开的战争中的卫士们的故事即将拉开帷幕。