故事发生在千叶县鸭川，京乃圆（石原夏织 配音）是一位平凡的十七岁少女，就读于私立鸭川女子高中。生性活泼善良的京乃圆喜欢帮助他人，因此成立了名为“Jersey部”的团体，虽然京乃圆是这个团体里的唯一成员，然而，能够一步一步实现自己的理想，京乃圆感到十分幸福。
　　一次偶然中，京乃圆邂逅了名为兰（濑户麻沙美 配音）的神秘少女，尽管兰个性冷静沉默，但在她的身上，京乃圆还是感受到了和自己相似的气息。就这样，兰成为了京乃圆的同伴。之后，名为麦波（茅野爱衣 配音）的转校生亦加入了京乃圆的团体，当三人相聚之时，命运的齿轮开始了旋转。

十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。                                                                      　　一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。

 西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后…… 原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。 被称为“SKY GIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！

在非常遥远的未来，人类反抗机器人的贵族统治之战即将进入尾声。故事的舞台是与世隔绝的暴风雨之塔，里面住着弗里盖琉公爵的女儿多罗斯赛露、管家凯迪西多尼斯等人，故事便是围绕着大小姐和管家两人的日常对话而展开的。

　　星历4088年,人们引起了星系间的危机，失去了大多数的惑星。残存于星间殖民地的人类，将希望寄托在仅存唯一的惑星"ZION"上，但是ZION却被不明的外星生物"牺牲者"(威克提姆 Ｗｈｉｇｔｏｍ)所威胁，人们只好使用巨大的机械人型兵器"女神"(英格莉德 Ａ·Ｈ·Ｗ)来对抗威克提姆。
　　但是女神的驾驶员必须要拥有超越常人的特殊能力(EX)，工作十分辛苦，任期又十分短暂，所以便有了女神的驾驶员训练中心"G.O.A"的诞生，每一期的训练时间为三年。在三年的学习期间内，学员们(即女神候补生)必须在宇宙船内生活，接受严格的训练，因此半途而废者不在少数。而且并非三年的在学期间一结束就可以成女神的驾驶员，只有缺额出现(现任驾驶者死亡或因EX低下而引退)或者是候补生的战斗能力超越现任驾驶员，才可以晋升为正式驾驶员。
　　然后时间到了星历5030年……
　　主角杰洛·苑名(ZERO ENNA)出身于边境殖民地，幼时丧父、家里只有母亲一人。个性明朗，积极的不能再积极(讲明白点就是完全行动派，做事不经大脑、不顾后果，横冲直撞的呆子)，即使消沉也会恢复的很快。拥有毫无根据的信心，同时也是个乐天派。有点迟钝、并用爱面子来掩饰他的胆小，耿直的性格有时也会让人觉得反感。不擅于用头脑来理解,但是用身体来理解的话比其他人快上一倍,身为驾驶员的才能还算是个钻石的粗糙原石状态，也还无法完全驾驭EX。
　　故事就在杰洛为了成为女神驾驶员而作为女神候补生进入G.O.A.学习的情况下展开……
　　这部漫画由杉崎由绮琉原作，在"COMIC GUM"上连载，目前单行本出到了VOL.4。在1999年该作被动画化，由XEBEC出品，TV版共12集，剧情大概进行到单行本VOL.4结束的时候(亚次代替他死去的哥哥厄尼斯特成为"女神"正式驾驶员)。由于动画版中的女神是CG制作的，所以看上去和漫画会有少许不同。

21世纪末，由于人类一昧的浪费资源破坏环境，加上被毫无根据的主义主张所怂恿而互相残杀，终究到了面临 灭亡的困境。为了避免灭亡，他们所作的选择是利用基因 操作，采取强制性的进化方法，预先准备程式而从 DNA产 出生命，连性格和适应能力都能掌控。由于人们丧失了恋爱、感情和支配欲，社会因此相当安定，一直到了23世纪 ，终于确立了完整的基因操作社会……                                                                      　　Bandai Visual在2001年的力作之一。 透过近未来的舞台， 刻画出科技与人类息息相关的世界观。 剧中的两类超有型的机械人设计， 一直是动漫的瞩目焦点。角色设计师是曾经打造过街头霸王II的名手！