遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。在至高天神的庇护下，这里的人民过着平静的生活。直到纪元3836年，一名神秘的黑衣人携着毁灭邪焰突然降临，却发现自己弄错了时间和地点，好在既定的命运一如他手中那本时之文书所记载……神力火焰失去掌控，到处肆虐，大祭司云轩为平定灾厄，决定在明鲸港召开“和平之祭”，选拔各国精英， 筹建灾厄特勤组，故事就从这里开始……

突然在世界中心出现的新大陆·圣洲。随着这一沉睡着未知生物及资源的大陆的出现，世界再次进入探险家的时代！在欲望横流的圣洲，少年·又以救助探险家们为生业……。

故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章 配音）、中岛匡幸（福山润 配音）和大神信（保志总一朗 配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。                                                                      　　某日，厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起，前往传说中的诅咒之地探险，在“现世”和“幽世”的交接处，三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中，三人匆忙逃跑，却发现灵魂竟然脱离了肉体，当他们再度找回肉身之后，一切都改变了，三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时，古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。

本片讲述了一位武艺高强但又嗜酒如命的女武士（月影兰）与一位使用猫铁拳格斗术的小女孩（美安奈）相遇并一起游历于各处的故事。两人一路上行侠仗义，但又不时地闹出点笑话……                                                                      　　原作・監督 - 大地丙太郎                                                                      　　助監督 - 秦義人                                                                      　　演出アドバイザー - 桜井弘明                                                                      　　キャラクターデザイン - 渡辺はじめ                                                                      　　総作画監督 - 吉松孝博                                                                      　　美術監督 - 金子英俊                                                                      　　撮影監督 - 山口仁                                                                      　　色彩設計 - 秋山久美                                                                      　　編集 - 尾形治敏                                                                      　　音楽 - 佐橋俊彦                                                                      　　音響監督 - 田中一也                                                                      　　プロデューサー - 鈴木一彦、諸澤昌男                                                                      　　アニメーション制作 - マッドハウス                                                                      　　製作 - バンダイビジュアル

　　这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
　　于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。