公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。 180年后，到了公元2356年，人类在地球、火星、土星、木星等各行星上都建立了巨大的宇宙基地，而为了在这些宇宙基地间建立有效的联络，在各行星之间还建立了许多太空站。在其中的一座空间站上有一座名叫“星之路”的宇宙学院，这座学院的任务就是培养有能力完成特殊任务的少年宇航员。本作的主人公片濑志麻就是这座学院中的一名学生。刚进入学院，片濑志麻和其他学员一样对新的学习生活很不适应，但同龄人之间的友情使大家都得到了不小的帮助，生活也渐渐进入正轨。片濑志麻还认识了一个名叫音山光太的男孩，两人很快就成为了好朋友。而且，一种朦胧的恋情也渐渐的在他们之间产生。平静的生活并没有维持多久，学员们开始接受严酷的训练，更有关系到地球存亡的重大任务让他们去完成，志麻和他的同学们能经受住这样的考验吗？

一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。                                                                      　　不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。

故事发生在日本的元志元年，江湖险恶，人心动荡。为了复仇，个头矮小父母双亡的少年铁之助（小林由美子 配音）以成为“鬼”为目标，要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里，铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司（斋贺弥月 配音），以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三（中田让治 配音）。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩，而柔弱的少女沙夜（高桥美佳子 配音）更是撩动了少年稚嫩的心弦。                                                                      　　在新撰组内，严明的纪律必不可少，有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员，看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命，铁之助在心里暗下决心，要让这武士道精神流传下去。