电视剧版《功夫熊猫》集中讲述了熊猫阿宝在成为“神龙大侠”不久后又面对的重重艰难考验，剧情将填补两部电影版《功夫熊猫》之间的空隙，人物设定将沿用电影版，“中国元素”仍将成为其亮点。此外，电视剧版《功夫熊猫》中将出现不少新角色，“他们大都是反派，功夫盖世，对阿宝造成不小的威胁。”

　　拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。
　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。
　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

　　曾经热爱唱歌的坂井和奏（高桓彩阳 配音）在母亲去世后就此紧闭了双唇，愧疚和悔恨一直折磨着她脆弱的灵魂，这也导致本来在年音乐特长班的她转到了普通班。一次偶然中，和奏认识了同班同学宫本来夏（瀬户麻沙美 配音），来夏对音乐的热爱感染了和奏，也唤起了她对于音乐久违的热情。冲田妙羽（早见沙织 配音）的出现彻底奠定了和奏重拾音乐的决心，合唱部应运而生。
　　随着维也纳转学生前田敦博（花江夏树 配音）的出现，合唱部的人气达到了顶峰，有了音乐的每一天，和奏都和伙伴们快乐的渡过着，母亲坂井真昼（大原沙耶香 配音）给和奏带来的困扰也逐渐的转化为了生活的动力。