故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。
　　动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。

　　“流星塾”出身的“园田真理”，收到了来自父亲“花形”寄来的不明物品：“Faiz Gear和其专属机车”。为了问明父亲的用意，真理前往位于东京的巨大企业“SmartBrain”拜访父亲。途中遇上到处旅行的“干巧”，因真理放Faiz Gear的旅行袋和干巧被偷走的旅行袋一样而产生误会。正在争执的时候，两人被突然出现的不明怪物袭击．．．。
　　“把Faiz腰带交出来！”
　　另一边，“木场勇治”是一位家境富裕，父母慈祥和蔼，有交往将满一年女友的幸福青年。一场车祸夺走勇治双亲的性命也令勇治陷入昏睡。两年后，在勇治心跳停止，医生宣告死亡的当晚，“木场勇治”再次醒了过来．．．。

　　在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。
　　宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，降临大地母亲——地球。
　　由于坠入大气层时遭受重击，斯巴鲁的爱机·杜兰德尔壮烈牺牲。宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员斯巴鲁的悲鸣响彻于残骸之上。
　　――啜泣中的斯巴鲁，身体突然产生异变…！！总窝在驾驶舱内不出来的他竟然出现了驾驶舱戒断症状…

　　2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。

　　某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事……
　　本片根据士郎正宗的原作改编。

　　故事发生在不远的未来时代，彼时，VR技术的普及让人们即使身处家中也可以体验到精彩绝伦的偶像演出，技术的发展也使得人们对偶像的需求和依赖日益增加。世界各地都建立起了专门培育偶像的学校。
　　故事发生在由天然岛与人工岛连结而构成的起始之岛上，在这里，矗立着一座拥有悠久历史的偶像培训学校，曾经，无数的偶像作为新星从其中冉冉升起，但随着时间的推移，这所学校的人气渐渐低迷。个性开朗率真，不擅长掩饰自己心情的林薇薇（丰田萌绘 配音）、性格沉稳，总是以前辈形象出现的服部惺梛（早濑莉花 配音）、因为憧憬曾祖母而立志成为偶像的早川心樱（木村优 配音），这些活跃在学校里的女孩子们，是否能够完成他们的梦想呢？

一种名为“卡巴内”的钢铁怪物忽然出现在人类社会之中，造成了巨大的恐慌。被它们袭击过的人类，会拥有起死回生之能力，并且亦开始袭击同类。在怪物猛烈的进攻之下，人类社会很快就四分五裂，幸存下来的人们建立起了城寨“驿”，靠着彼此互通有无苟且残存。驿与驿之间，唯一能够通行的交通工具是装甲蒸汽机车。                                    
                               　　生驹（畠中祐 配音）是一名以蒸汽锻冶为业的热血少年，他发明了武器“贯筒”，希望能够为消灭卡巴内贡献出自己的力量。一次偶然中，生驹邂逅了神秘的少女（千本木彩花 配音），与此同时，一场暴走事件的发生使得生驹所生活的显金驿彻底沦陷，卡巴内不断的产生着，生驹并没有选择逃跑，而是拿起武器，挺身而出。

西历20XX年——
　　每家每户美少女女仆机器人「定制女仆」已经普及的时代。过于平凡的小学生——平凡人，心心念念的美少女定制女仆终于到货。可是来到家的却是……!?
　　史上最强的冒失女机器人・机器妹和温柔的少年・凡人的奇妙日常开始了!!

　　遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝，与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上，面对这个与印象中完全不同的人类发源之星，雷德不知所措。在此期间，他和可爱的少女艾米（金元寿子 配音）沟通交流，并成功帮助他们挫败海盗的进攻，赢得地球人的信任。
　　由于无法联系到友军，雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他，面对这群全无纪律和效率可言的人类，心中最深层的情感慢慢苏醒……

　　游戏原作是将龙和妖精这些出现在幻想世界中的生物进行拟人化的卡片RPG,而拟人化后的形象基本都是美少女的姿态。
　　故事则是讲述在和平美丽的行星AQUAFALL上,突然降落的陨石群放出了邪恶的东西,因此大地上的全部生物面临着要被消灭的危机,此时在AQUAFALL长大的龙族少女利维坦、巴哈姆特、约尔曼冈德、妖精塞罗普相遇了,并凭着各自共有的理念而一起迎击迫近而来的威胁。