2031年，因维人（Invid）抵达饱经磨难的地球，宣布他们对史前能量拥有占有权。这个强大而善战的外星种族武装力量对地球守备军发起了摧枯拉朽般的攻势，在消灭了一切抵抗力量后，占领了地球。                                                                      　　得到消息的瑞克·卡特命令远征军（Robotech Expeditionary Force）舰队回航，于是庞大的船团开始转向。在主力舰队到达之前，已有数批先遣队抢先对因维人发动了攻击，然而等待他们的却只有恐怖和毁灭，因维军队轻而易举就使先遣队全军覆没。                                                                      　　占领地球的因维人几乎已到达进化的顶点。他们可以根据环境的需要，随意改变自己的形象和身体组成，甚至可以凭借自身的意志，将身体在物质态和能量态间自由转化。但具有讽刺意味的是，他们对史前能量的依赖性是最强的，表面上强大的适应能力被这致命的弱点牢牢束缚着，而拥有生命之花、作为“宇宙中已知最后一块史前能量聚集地”的地球，也就自然而然成为了它们的目标。                                                                      　　此时的人类虽然早已进入了星际殖民时代，但无论是在外星殖民地，还是遥远空间中行进的船团里，所有的人都把地球当做是他们的故乡。在他们的心目中，地球已经成为了一块圣地，是人类文明的象征。一方是为了夺回精神寄托，另一方则誓死要守卫最后的生存空间。于是在太阳系第三行星上，又一次发生了两个文明之间的激烈碰撞。                                                                      　　远征军先遣队的幸存者之一斯科特·博纳德在军队全灭的绝望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者。危难中他们团结一心，组成了活跃在敌人后方的游击队，在远征军对敌作战的同时与外星武装进行长年周旋。                                                                      　　漫长的战斗岁月里，游击小队先后遇到了两位以人类形式出现的因维族女性。斯科特与爱丽尔、兰瑟与希拉的爱情使因维女王瑞吉斯深感人类情感与文明对她族人的威胁，而日益枯竭的史前能量以及陆续回航的远征军，都使她感到地球不再是适宜种族进化的久留之地。                                                                      　　第三次宇宙大战的结局，再次以人类的胜利而告终，因维人在瑞吉斯的带领下，向茫茫宇宙的深处飞去，少数人则留下来，积极地融入了人类社会中。人类与外星人成功的结合再次证实了贯穿系列的主题：“爱能战胜一切”。                                                                      　　千千万万的幸存者从废墟中站起来，重新建造新的家园。太空堡垒时代的历史到此告一段落。也许在今后的日子里，人类还将面临更大的挑战，也许终有一天，人类文明也会步向终结，但只要还有美丽的歌声，只要还有爱，这个宇宙就永远不会寂寞。                                                                      　　在移民船团回航的途中，暗影堡垒III号(Shadow Dimensional Fortress Three)失踪了，没人知道它去向了茫茫宇宙的哪一个角落……

　　创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。
　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。
　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。
　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。
　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

　　如果登上塔，一切就都可以得到。
　　塔顶上有着这世界上的一切，可以得到这个世界……成为神。
　　为了欣赏星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及如果有蕾哈尔这样的女朋友就什么也不需要了的少年·二十五夜，他们之间的故事开始了。

　　故事背景设定在不远的近未来，地球人的活动空间已触及到茫茫的外太空。故事主人公是一名叫丹迪（诹访部顺一 配音）的宇宙猎人，同时也是有名的花花公子。他和他的搭档——旧型清洁机器人QT（佐武宇绮 配音）一起在宇宙中寻找各种未知的新型外星物种，如果外星人被认定为新品种，那么谁最早发现谁就能获得奖金。在一次追捕中，丹迪和QT遇到一个外形像猫的外星人，丹迪取其名为“喵”（吉野裕行 配音）。从此，丹迪、QT和喵一同在宇宙中到处冒险，并与各种各样的外星人相遇，卷入一场场有趣刺激的故事中。
　　本动画采用了“单元剧”的模式，使得这部动画像是一个舞台，各路人马各显神通。在展示的动画设计图中，有各式各样的外星人，监督表示动画播出时会每周推出一个外星人。

　　讲述了“柱”突然出现在地球上，威胁着各种生命。人类对其束手无策并被逼入绝境，此时成为“奥丁”的神向人类伸出了援手。奥丁将女武神“瓦尔基里”以及成为她们羽翼的英灵机作为反抗“柱”的手段授予人类，并宣言反击。
　　数年后，在人类与“柱”持续战斗的天空中，身披战翼的女武神们以及支援者女武神的男人们，为了拯救世界而拼上性命翱翔天际。日本也不例外，与耸立于灵峰富士的巨大柱对峙的3名女武神。她们每个人都具备强劲的能力，但却都是些问题儿童。此时，一位王牌飞行员因某些缘由从欧洲前来……
　　“来吧，是反击的时候了，人类。终将来临的决战之日——诸神的黄昏已近在眼前。”

　　永远的“6时59分”开始了——
　　在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

　　21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现在了主人公明日见奏大所在的小队面前。斯菲亚对地球发起了侵略，并断绝地球和宇宙的一切通讯，地球变成了“孤岛行星”。奏大原本在宇宙港送货，结果却遇到了斯菲亚的袭击。奏大为了掩护其他人逃走陷入了死亡。就在此时，新的光出现了！在光的笼罩下，奏大变身成为了德凯奥特曼。获得了变身能力的奏大与新生精英胜利队的队员一起，与斯菲亚展开了新的斗争！

　　这是一部非常奇特的作品。故事改编自日本近期流行的TRADING卡片游戏《Aquarian Age》。《宝瓶时代－进化的征兆》是这个系列游戏其中的一部，其它几部还有《觉醒的少女》、《天蝎宫的宿命》、《悠久的处女宫》等。为这款卡片游戏担当人物设定的都是许多当红的实力派画家，如：后藤圭二、七濑葵以及本作的作画监督阿部恒等。在过去的2000年里，人类存在于无休止的流血中，由想掌握世界的人不断的挑起战争。这部作品以我们大家都感兴趣的当今娱乐界为切入点，以上仓多响太为人物主线，引出了人们平静生活背后不为人知的一场超能力者之间的战争。故事中的人物分为五种势力，其中三大旧势力为：－、阿罗耶识：她们掌握着神赐予的自然之力，以自己的灵力为战斗的媒介；二、WIZ-DOM：她们擅长传承自西洋的魔法，以塔罗牌占卜战斗。三：半兽人“达格罗亚”。而现在，又出现以少女组成的新势力E.O.G（并同时出现能拥有支配少女们并使她们觉醒能力的男性マインドブレイカー，如主角响太）和来自外星的神秘力量。